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万見
- PDB-1scr: HIGH-RESOLUTION STRUCTURES OF SINGLE-METAL-SUBSTITUTED CONCANAVAL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1scr
タイトルHIGH-RESOLUTION STRUCTURES OF SINGLE-METAL-SUBSTITUTED CONCANAVALIN A: THE CO,CA-PROTEIN AT 1.6 ANGSTROMS AND THE NI,CA-PROTEIN AT 2.0 ANGSTROMS
要素CONCANAVALIN A
キーワードLECTIN(AGGLUTININ)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of defense response to virus / D-mannose binding / defense response / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Concanavalin-A
類似検索 - 構成要素
生物種Canavalia ensiformis (タチナタマメ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Emmerich, C. / Helliwell, J.R. / Redshaw, M. / Naismith, J.H. / Harrop, S.J. / Raftery, J. / Kalb, A.J. / Yariv, J. / Dauter, Z. / Wilson, K.S.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1994
タイトル: High-resolution structures of single-metal-substituted concanavalin A: the Co,Ca-protein at 1.6 A and the Ni,Ca-protein at 2.0 A.
著者: Emmerich, C. / Helliwell, J.R. / Redshaw, M. / Naismith, J.H. / Harrop, S.J. / Raftery, J. / Kalb, A.J. / Yariv, J. / Dauter, Z. / Wilson, K.S.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1992
タイトル: Non-Glycosylated Recombinant Pro-Concanavalin a is Active without Polypeptide Cleavage
著者: Min, W. / Dunn, A.J. / Jones
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993
タイトル: The Refined Structure of Cadmium Substituted Concanavalin a at 2.0 Angstroms Resolution
著者: Naismith, J.H. / Habash, J. / Harrop, S.J. / Helliwell, J.R. / Hunter, W.N. / Wan, T.C.M. / Weisgerber, S. / Kalb(Gilboa), A.J. / Yariv, J.
#3: ジャーナル: J.Cryst.Growth / 年: 1988
タイトル: The Effect of Metal Ion Homogeneity on the Diffraction Limit of Orthorhombic I222 Crystals of Concanavalin A
著者: Kalb(Gilboa), A.J. / Yariv, J. / Helliwell, J.R. / Papiz, M.Z.
履歴
登録1993年12月6日処理サイト: BNL
改定 1.01994年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CONCANAVALIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7213
ポリマ－25,6221
非ポリマー992
水2,594144
1
A: CONCANAVALIN A
ヘテロ分子

A: CONCANAVALIN A
ヘテロ分子

A: CONCANAVALIN A
ヘテロ分子

A: CONCANAVALIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,88512
ポリマ－102,4904
非ポリマー3958
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area10080 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area33330 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)89.440, 87.210, 63.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Atom site foot note1: ALA 207 - ASP 208 OMEGA = 0.43 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-383-

HOH

詳細THERE IS ONE MONOMER (237 AMINO ACIDS) IN THE ASYMMETRIC UNIT. CONCANAVALIN A EXISTS AS A TETRAMER ALTHOUGH THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS A MONOMER. THE TETRAMER CAN BE GENERATED BY SYMMETRY OPERATORS.

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要素

#1: タンパク質 CONCANAVALIN A


分子量: 25622.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Canavalia ensiformis (タチナタマメ)
遺伝子: CDNA / 器官: BEAN / 参照: UniProt: P02866
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細KALB ET AL. (1988) POSTULATED IN A SURVEY OF THE RESOLUTION LIMITS OF A VARIETY OF METAL ...KALB ET AL. (1988) POSTULATED IN A SURVEY OF THE RESOLUTION LIMITS OF A VARIETY OF METAL SUBSTITUTED CONCANAVALIN A'S THAT THERE WAS INCREASED DISORDER CAUSED BY SMALLER TRANSITION METAL IONS. EMMERICH ET AL. (1993) COMPARED THE CO,CA- AND NI,CA-CONCANAVALIN A STRUCTURES. THE NI,CA-CONCANAVALIN A COORDINATES ARE REPORTED HERE. IT IS FOUND THAT THERE IS SOME CORRELATION BETWEEN THE TRANSITION METAL ION AND THE DEGREES OF DISORDER IN THE ENTIRE MOLECULE AND THUS THE RESOLUTION LIMIT OF THE CRYSTAL. HOWEVER, IT IS AN OVER-SIMPLIFICATION TO CORRELATE ONLY WITH IONIC RADIUS.
配列の詳細THE SEQUENCE IS AS DERIVED FROM THE CDNA SEQUENCE OF MIN ET AL.,1992.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.72 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 手法: microdialysis / 詳細: Greer, J., (1970) J. Mol. Biol, 48, 365.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.1 M11NaNO3
20.05 MTris acetate11

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Num. obs: 16435 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / Num. measured all: 60304 / Rmerge(I) obs: 0.04

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2→8 Å / σ(F): 1 /
Rfactor反射数
Rwork0.159 -
obs0.159 16128
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1809 0 2 144 1955
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.159 / Rfactor Rwork: 0.159
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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