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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1s6r | ||||||
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タイトル | 908R class c beta-lactamase bound to iodo-acetamido-phenyl boronic acid | ||||||
要素 | beta-lactamase | ||||||
キーワード | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacter cloacae (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / AB INITIO / 解像度: 2.24 Å | ||||||
データ登録者 | Wouters, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell.Mol.Life Sci. / 年: 2003 タイトル: Crystal structure of Enterobacter cloacae 908R class C beta-lactamase bound to iodo-acetamido-phenyl boronic acid, a transition-state analogue. 著者: Wouters, J. / Fonze, E. / Vermeire, M. / Frere, J.M. / Charlier, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1s6r.cif.gz | 77.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1s6r.ent.gz | 61 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1s6r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/1s6r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/1s6r | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | asymetric unit corresponds to biological unit |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39097.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア) 株: 908R / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93CA2, beta-lactamase |
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#2: 化合物 | ChemComp-IAP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.28 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 0.1M bicine buffer, 30% PEG (Mr 6000), pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Wouters, J., (2001) Acta Cryst., D57, 162. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54179 Å |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54179 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.24→30 Å / Num. all: 13652 / Num. obs: 13652 / % possible obs: 83.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 | *PLUS Num. obs: 11810 / % possible obs: 88.6 % / Num. measured all: 48365 / Rmerge(I) obs: 0.128 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO / 解像度: 2.24→10 Å / Num. parameters: 11341 / Num. restraintsaints: 11667 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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Refine analyze | Num. disordered residues: 1 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 2814 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.24→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 10 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.226 / Rfactor Rfree: 0.281 / Rfactor Rwork: 0.204 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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