PDB-1s3k: Crystal Structure of a Humanized Fab (hu3S193) in Complex with th...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1s3k

タイトル

Crystal Structure of a Humanized Fab (hu3S193) in Complex with the Lewis Y Tetrasaccharide

要素

HU3S193 Fab fragment, heavy chain
HU3S193 Fab fragment, light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin fold / Beta Barrel / Humanized antibody / Antigen binding fragment

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Lewis Y antigen, alpha anomer

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Ramsland, P.A. / Farrugia, W. / Bradford, T.M. / Hogarth, P.M. / Scott, A.M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Structural convergence of antibody binding of carbohydrate determinants in lewis y tumor antigens
著者: Ramsland, P.A. / Farrugia, W. / Bradford, T.M. / Hogarth, P.M. / Scott, A.M.

履歴

登録	2004年1月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp / entity_src_gen / struct_conn Item: _chem_comp.type / _entity_src_gen.gene_src_common_name ..._chem_comp.type / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1s3k.cif.gz	106.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1s3k.ent.gz	79 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1s3k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1s3k_validation.pdf.gz	917.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1s3k_full_validation.pdf.gz	927.1 KB	表示
XML形式データ	1s3k_validation.xml.gz	22.4 KB	表示
CIF形式データ	1s3k_validation.cif.gz	32.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/1s3k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/1s3k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1clyS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6nov-2 6dca-4 4qhk-4 4odu-2 1emt-d 2fl5-4 2fl5-3 5cgy-2 1rur-d 4jn1-d 4zyk-1 5mp5-2 2v7h-1 4hdi-2 5vz1-2 4jzo-4 2o5z-d 4k8r-2 5bk3-3 5x4g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: HU3S193 Fab fragment, light chain

H: HU3S193 Fab fragment, heavy chain

ヘテロ分子

48.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.758, 71.758, 90.142
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: 抗体

HU3S193 Fab fragment, light chain

分子量: 24066.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: murine complementarity determining regions grafted onto human framework and constant sequences
由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 属: Homo, Mus / 生物種: , / 株: , / 解説: Humanized / Cell (発現宿主): NS0 murine myeloma cells / 発現宿主:

Mus musculus (ハツカネズミ)

#2: 抗体

HU3S193 Fab fragment, heavy chain

分子量: 23796.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: murine complementarity determining regions grafted onto human framework and constant sequences
由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 属: Mus, Homo / 生物種: , / 株: , / 解説: Humanized / Cell (発現宿主): NS0 murine myeloma cells / 発現宿主:

Mus musculus (ハツカネズミ)

#3: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2- ... / Lewis Y antigen / alpha anomer

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗原 / 分子量: 675.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide with branches / 参照: Lewis Y antigen, alpha anomer

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-2DGalpb1-4[LFucpa1-3]DGlcpNAca1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2-3-2/a3-b1_a4-c1_c2-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル

分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.35 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 20000, sodium chloride, Tris, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 39562 / Num. obs: 39562 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 12.7 Å² / R_sym value: 0.062 / Net I/σ(I): 15.2
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 3008 / R_sym value: 0.153 / % possible all: 73.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
CNS	1	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CLY

1cly

解像度: 1.9→33.34 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.238	1950	-	RANDOM
R_work	0.203	-	-	-
obs	0.203	38945	95.1 %	-
all	-	38945	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.6 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.27 Å	0.23 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.23 Å	0.18 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→33.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3281	0	52	346	3679

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d	1.4
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	27.1
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.78

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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