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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1s1n | ||||||
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タイトル | SH3 domain of human nephrocystin | ||||||
![]() | Nephrocystin 1 | ||||||
![]() | CELL ADHESION / BETA BARREL | ||||||
機能・相同性 | ![]() protein localization involved in establishment of planar polarity / visual behavior / spermatid differentiation / photoreceptor connecting cilium / positive regulation of bicellular tight junction assembly / cell projection organization / motile cilium / bicellular tight junction / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / adherens junction ...protein localization involved in establishment of planar polarity / visual behavior / spermatid differentiation / photoreceptor connecting cilium / positive regulation of bicellular tight junction assembly / cell projection organization / motile cilium / bicellular tight junction / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / adherens junction / cilium / cell-cell adhesion / cell-cell junction / retina development in camera-type eye / actin cytoskeleton organization / cytoskeleton / structural molecule activity / signal transduction / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / distance geometry follwed by restrained simulated annealing | ||||||
![]() | Le Maire, A. / Weber, T. / Saunier, S. / Antignac, C. / Ducruix, A. / Dardel, F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Solution NMR structure of the SH3 domain of human nephrocystin and analysis of a mutation-causing juvenile nephronophthisis. 著者: le Maire, A. / Weber, T. / Saunier, S. / Broutin, I. / Antignac, C. / Ducruix, A. / Dardel, F. #1: ![]() タイトル: A novel gene that encodes a protein with a putative src homology 3 domain is a candidate gene for familial juvenile nephronophthisis 著者: SAUNIER, S. / CALADO, J. / HEILIG, R. / SILBERMANN, F. / BENESSY, F. / MORIN, G. / KONRAD, M. / BROYER, M. / GUBLER, M.C. / WEISSENBACH, J. #2: ![]() タイトル: A novel gene encoding an SH3 domain protein is mutated in nephronophthisis type 1 著者: HILDEBRANDT, F. / OTTO, E. / RENSIG, C. / NOTHWANG, H.G. / VOLLMER, M. / ADOLPHS, J. / HANUSH, H. / BRANDIS, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 321.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 267.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 353.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 462.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7623.472 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy |
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試料調製
詳細 | 内容: 1.5 mM SH3 domain U-15N,13C; 20mM phosphate buffer K, pH6.5 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 20 mM K-phosphate / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: distance geometry follwed by restrained simulated annealing ソフトェア番号: 1 詳細: The structures are based on a total of 623 restraints. 540 are NOE-derived restraints : 110 intraresidue, 121 sequential, 37 medium-range and 272 long-range. 30 distance restraints from ...詳細: The structures are based on a total of 623 restraints. 540 are NOE-derived restraints : 110 intraresidue, 121 sequential, 37 medium-range and 272 long-range. 30 distance restraints from hydrogen bonds. 53 dihedral angle restraints. | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average,lowest energy | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 17 |