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万見
- PDB-1ryu: Solution Structure of the SWI1 ARID -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ryu
タイトルSolution Structure of the SWI1 ARID
要素SWI/SNF-related, matrix-associated, actin-dependent regulator of chromatin subfamily F member 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / ARID / SWI1 / structural genomics / protein-DNA interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / bBAF complex / npBAF complex / brahma complex / nBAF complex / regulation of G0 to G1 transition / nucleosome disassembly / regulation of nucleotide-excision repair / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex ...nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / bBAF complex / npBAF complex / brahma complex / nBAF complex / regulation of G0 to G1 transition / nucleosome disassembly / regulation of nucleotide-excision repair / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of T cell differentiation / positive regulation of stem cell population maintenance / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / androgen receptor signaling pathway / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of myoblast differentiation / estrogen receptor signaling pathway / nucleosome binding / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / nuclear receptor binding / positive regulation of cell differentiation / RMTs methylate histone arginines / nervous system development / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
SWI/SNF-like complex subunit BAF250a / SWI/SNF-like complex subunit BAF250/Osa / SWI/SNF-like complex subunit BAF250, C-terminal / SWI/SNF-like complex subunit BAF250/Osa / ARID DNA-binding domain / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain superfamily / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID domain profile. ...SWI/SNF-like complex subunit BAF250a / SWI/SNF-like complex subunit BAF250/Osa / SWI/SNF-like complex subunit BAF250, C-terminal / SWI/SNF-like complex subunit BAF250/Osa / ARID DNA-binding domain / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain superfamily / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID domain profile. / BRIGHT, ARID (A/T-rich interaction domain) domain / DNA polymerase; domain 1 / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
AT-rich interactive domain-containing protein 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
Model type detailsminimized average
データ登録者Kim, S. / Zhang, Z. / Upchurch, S. / Isern, N. / Chen, Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structure and DNA-binding sites of the SWI1 AT-rich interaction domain (ARID) suggest determinants for sequence-specific DNA recognition.
著者: Kim, S. / Zhang, Z. / Upchurch, S. / Isern, N. / Chen, Y.
履歴
登録2003年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SWI/SNF-related, matrix-associated, actin-dependent regulator of chromatin subfamily F member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5871
ポリマ－13,5871
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)8 / 30target function
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 SWI/SNF-related, matrix-associated, actin-dependent regulator of chromatin subfamily F member 1 / SWI-SNF complex protein p270 / B120


分子量: 13586.547 Da / 分子数: 1 / 断片: SWI1 ARID (residues 617-736) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: O14497

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
121(H)CCH-TOCSY
132HN(CA)CB, C(CO)NH, HNCO, HN(CA)CO, H(CCO)NH
1433D 15N-separated NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1Approximately 1mM N15/C13 labeled protein in 100mM phosphate buffer, pH 6.0 and 5mM DTT, 100% D2O100% D2O
2Approximately 1mM N15/C13 labeled protein in 100mM phosphate buffer, pH 6.0 and 5mM DTT, 90%H2O/10%D2O90% H2O/10% D2O
3Approximately 1mM N15 labeled protein in 100mM phosphate buffer, pH 6.0 and 5mM DTT, 90%H2O/10%D2O90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 100mM phosphate buffer / pH: 6.0 / 圧: 1 atmosphere / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS5001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1Variancollection
Felix98,2000Accelrys解析
Felix98,2000Accelrysデータ解析
DYANA1.5Gntert, P., Mumenthaler, C. & Wthrich, K構造決定
ARIA1.2Jens Linge, Sean O'Donoghue, Michael Nilges精密化
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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