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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rxm | ||||||
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タイトル | C-terminal region of FEN-1 bound to A. fulgidus PCNA | ||||||
要素 |
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キーワード | REPLICATION / sliding clamp / torus / processivity factor / beta-zipper / hydrophobic anchor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / regulation of DNA replication / mismatch repair / translesion synthesis / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Archaeoglobus fulgidus (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Chapados, B.R. / Hosfield, D.J. / Han, S. / Qiu, J. / Yelent, B. / Shen, B. / Tainer, J.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2004 タイトル: Structural Basis for FEN-1 Substrate Specificity and PCNA-Mediated Activation in DNA Replication and Repair 著者: Chapados, B.R. / Hosfield, D.J. / Han, S. / Qiu, J. / Yelent, B. / Shen, B. / Tainer, J.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rxm.cif.gz | 62.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1rxm.ent.gz | 46.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rxm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/1rxm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/1rxm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is a trimer generated from the monomer in the asymmetric unit by applying the transformation matrices: ROTATION: [-0.5 -0.86603 0] [0.86603 -0.5 0] [0 0 1] TRANSLATION: 101.12701 -0.00001 0.00001 and ROTATION: [-0.5 0.86603 0] [-0.86603 -0.5 0] [0 0 1] TRANSLATION: 50.56358 87.57857 -0.00001 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27301.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: PCN, AF0335 / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O29912 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1404.564 Da / 分子数: 1 / Fragment: C-terminus / 由来タイプ: 合成 詳細: The sequence of the synthetic peptide is derived from the consensus of a FEN-1 sequence alignment. |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.67 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: Na/K phosphate, pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 21 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.855 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年8月2日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.855 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 11174 / Num. obs: 11174 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.07 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / Rsym value: 0.404 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1RWZ 解像度: 2.8→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.261 / Rfactor Rwork: 0.205 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |