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- PDB-3hi8: Crystal structure of proliferating cell nuclear antigen (PCNA) fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hi8
タイトルCrystal structure of proliferating cell nuclear antigen (PCNA) from Haloferax volcanii
要素Proliferating cell nuclear antigen PcnA
キーワードREPLICATION / sliding clamp / DNA interaction / haloferax volcanii
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / regulation of DNA replication / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain ...Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / : / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase sliding clamp
類似検索 - 構成要素
生物種Haloferax volcanii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.202 Å
データ登録者Morgunova, E. / Gray, F.C. / MacNeill, S.A. / Ladenstein, R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: Structural insights into the adaptation of proliferating cell nuclear antigen (PCNA) from Haloferax volcanii to a high-salt environment.
著者: Morgunova, E. / Gray, F.C. / Macneill, S.A. / Ladenstein, R.
履歴
登録2009年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proliferating cell nuclear antigen PcnA
B: Proliferating cell nuclear antigen PcnA
C: Proliferating cell nuclear antigen PcnA
D: Proliferating cell nuclear antigen PcnA
E: Proliferating cell nuclear antigen PcnA
F: Proliferating cell nuclear antigen PcnA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,1766
ポリマ－160,1766
非ポリマー00
水55831
1
A: Proliferating cell nuclear antigen PcnA
B: Proliferating cell nuclear antigen PcnA
C: Proliferating cell nuclear antigen PcnA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,0883
ポリマ－80,0883
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3220 Å2
ΔGint-13.4 kcal/mol
Surface area34810 Å2
手法PISA
2
D: Proliferating cell nuclear antigen PcnA
E: Proliferating cell nuclear antigen PcnA
F: Proliferating cell nuclear antigen PcnA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,0883
ポリマ－80,0883
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3180 Å2
ΔGint-13.1 kcal/mol
Surface area34830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)174.443, 123.236, 123.256
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 135.000, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Proliferating cell nuclear antigen PcnA


分子量: 26695.994 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Haloferax volcanii (古細菌) / 株: DS70 / 遺伝子: HVO_0175 / プラスミド: pET47b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: D0VWY8*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 4M Sodium malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月9日 / 詳細: Pt coated mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.8 % / 数: 144482 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Χ2: 0.88 / D res high: 2.99 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 37747 / % possible obs: 99.3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
8.073099.410.0510.2253.7
6.428.0799.910.0950.6893.8
5.626.4210010.1561.1953.9
5.115.6210010.1641.1653.9
4.745.1110010.1711.3143.9
4.464.7410010.2140.9713.9
4.244.4610010.3361.0973.9
4.064.2410010.5120.7623.9
3.94.0610010.8040.7863.9
3.773.910010.7773.9
3.653.7710010.8023.9
3.543.6510010.8173.9
3.453.5410010.7993.9
3.373.4599.910.8033.9
3.293.3710010.873.9
3.223.2910010.9143.9
3.163.2210010.9163.9
3.13.1610010.8673.8
3.043.110010.9483.8
2.993.0486.810.6863.3
反射解像度: 3.2→32.949 Å / Num. obs: 26380 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 138 Å2 / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 4.4
反射 シェル解像度: 3.2→3.36 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.02 / Rsym value: 0.25 / % possible all: 86.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1RWZ

1rwz


解像度: 3.202→32.949 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.787 / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: twin_lsq_f
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 1323 5.02 %random
Rwork0.237 ---
obs-26374 86.63 %-
溶媒の処理Bsol: 60.326 Å2 / ksol: 0.215 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 259.96 Å2 / Biso mean: 139.842 Å2 / Biso min: 13.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.812 Å20 Å22.153 Å2
2---1.261 Å20 Å2
3----2.551 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.202→32.949 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11214 0 0 31 11245
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4950
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.010
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0710
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0290
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0050
X-RAY DIFFRACTIONf_nbd_refined4.0420

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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