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- PDB-1rqr: Crystal structure and mechanism of a bacterial fluorinating enzym... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rqr
タイトルCrystal structure and mechanism of a bacterial fluorinating enzyme, product complex
要素5'-fluoro-5'-deoxyadenosine synthase
キーワードTRANSFERASE / fluorinase / central 7 stranded beta sheets / anti-parallel beta sheets
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosyl-fluoride synthase / adenosyl-fluoride synthase activity
類似検索 - 分子機能
Adenosyl-fluoride synthase / Bacterial fluorinating enzyme like / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, N-terminal / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, N-terminal domain / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, C-terminal domain / SAM hydroxide adenosyltransferase C-terminal domain / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, C-terminal domain superfamily / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, N-terminal domain superfamily / SAM hydroxide adenosyltransferase N-terminal domain ...Adenosyl-fluoride synthase / Bacterial fluorinating enzyme like / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, N-terminal / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, N-terminal domain / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, C-terminal domain / SAM hydroxide adenosyltransferase C-terminal domain / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, C-terminal domain superfamily / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, N-terminal domain superfamily / SAM hydroxide adenosyltransferase N-terminal domain / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-FLUORO-5'-DEOXYADENOSINE / METHIONINE / Fluorinase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces cattleya (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Dong, C. / Huang, F. / Deng, H. / Schaffrath, C. / Spencer, J.B. / O'Hagan, D. / Naismith, J.H.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2004
タイトル: Crystal structure and mechanism of a bacterial fluorinating enzyme
著者: Dong, C. / Huang, F. / Deng, H. / Schaffrath, C. / Spencer, J.B. / O'Hagan, D. / Naismith, J.H.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Crystallization and X-ray diffraction of 5'-fluoro-5'-deoxyadenosine synthase, a fluorination enzyme from Streptomyces cattleya
著者: Dong, C.J. / Deng, H. / Dorward, M. / Schaffrath, C. / O'Hagan, D. / Naismith, J.H.
履歴
登録2003年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 2.02022年6月15日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-fluoro-5'-deoxyadenosine synthase
B: 5'-fluoro-5'-deoxyadenosine synthase
C: 5'-fluoro-5'-deoxyadenosine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,3049
ポリマ－98,0493
非ポリマー1,2556
水2,864159
1
A: 5'-fluoro-5'-deoxyadenosine synthase
B: 5'-fluoro-5'-deoxyadenosine synthase
C: 5'-fluoro-5'-deoxyadenosine synthase
ヘテロ分子

A: 5'-fluoro-5'-deoxyadenosine synthase
B: 5'-fluoro-5'-deoxyadenosine synthase
C: 5'-fluoro-5'-deoxyadenosine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,60818
ポリマ－196,0976
非ポリマー2,51112
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_456x-1/2,-y+1/2,-z+11
2
A: 5'-fluoro-5'-deoxyadenosine synthase
B: 5'-fluoro-5'-deoxyadenosine synthase
C: 5'-fluoro-5'-deoxyadenosine synthase
ヘテロ分子

A: 5'-fluoro-5'-deoxyadenosine synthase
B: 5'-fluoro-5'-deoxyadenosine synthase
C: 5'-fluoro-5'-deoxyadenosine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,60818
ポリマ－196,0976
非ポリマー2,51112
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area26770 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area59110 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)76.184, 129.923, 183.872
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The biological assembly is a hexamer generated from the trimer in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 5'-fluoro-5'-deoxyadenosine synthase


分子量: 32682.861 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces cattleya (バクテリア)
遺伝子: fla / プラスミド: pET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q70GK9, adenosyl-fluoride synthase
#2: 化合物 ChemComp-5FD / 5'-FLUORO-5'-DEOXYADENOSINE / 5′-フルオロ-5′-デオキシアデノシン


分子量: 269.232 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12FN5O3
#3: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 22% PEG 1000, 0.1M phosphate-citrate, 0.2M Li2SO4, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / pH: 7.8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Dong, C., (2003) Acta Crystallogr.,Sect.D, 59, 2292.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
122 %PEG10001reservoir
20.1 Mphosphate-citrate1reservoirpH4.2
30.2 M1reservoirLi2SO4
425 mMTris-HCl1droppH7.8
55 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月8日 / 詳細: 2 Mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.67→53.64 Å / Num. all: 26303 / Num. obs: 26003 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 5.967 / Observed criterion σ(I): 5.4 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 47.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 3
反射 シェル解像度: 2.67→2.74 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.176 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique all: 1821 / Rsym value: 0.133 / % possible all: 99
反射
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 53 Å / Num. obs: 26303 / % possible obs: 97 % / Rmerge(I) obs: 0.064
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 81 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Mean I/σ(I) obs: 4.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.67→91.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 10.333 / SU ML: 0.219 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 5.96 / σ(I): 3.5 / ESU R Free: 0.335 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2318 1322 5.1 %RANDOM
Rwork0.17329 ---
all0.231 26303 --
obs0.17627 24648 98.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.058 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.03 Å20 Å20 Å2
2---0.26 Å20 Å2
3----0.77 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.67→91.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6660 0 84 159 6903
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0216915
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.026225
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3781.9749438
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.856314400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.515870
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.21053
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027770
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021440
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.21380
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2350.27792
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1040.23926
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.2197
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2460.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2080.299
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1610.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4751.54356
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.90127017
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.33432559
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2174.52421
LS精密化 シェル解像度: 2.67→2.742 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 96 -
Rwork0.216 1724 -
obs-1821 95.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3336-0.1319-0.2390.3580.09610.5487-0.00150.0635-0.17130.0232-0.0850.06190.0344-0.13960.08650.0349-0.02120.0290.0692-0.01740.093122.59314.03868.794
20.93520.1860.42190.58180.3520.7933-0.0302-0.01340.1051-0.0272-0.02910.0732-0.2191-0.00880.05930.10640.01070.00450.0314-0.00850.072127.21545.66569.601
30.39320.0844-0.01530.5863-0.11240.6655-0.0079-0.0357-0.03880.043-0.0088-0.0891-0.01290.110.01680.06850.001-0.01460.07950.01010.085151.82125.72573.641
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA8 - 2988 - 298
2X-RAY DIFFRACTION2BB8 - 2988 - 298
3X-RAY DIFFRACTION3CC8 - 2988 - 298
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 53 Å / Rfactor Rfree: 0.239 / Rfactor Rwork: 0.176
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.34
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.74 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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