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- PDB-1rpx: D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE 3-EPIMERASE FROM SOLANUM TUBEROSUM CHLOROPLASTS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rpx
タイトルD-RIBULOSE-5-PHOSPHATE 3-EPIMERASE FROM SOLANUM TUBEROSUM CHLOROPLASTS
要素PROTEIN (RIBULOSE-PHOSPHATE 3-EPIMERASE)
キーワード3-EPIMERASE / CHLOROPLAST / CALVIN CYCLE / OXIDATIVE PENTOSE PHOSPHATE PATHWAY
機能・相同性
機能・相同性情報


ribulose-phosphate 3-epimerase / D-ribulose-phosphate 3-epimerase activity / pentose-phosphate shunt, non-oxidative branch / reductive pentose-phosphate cycle / chloroplast thylakoid membrane / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribulose-phosphate 3-epimerase / Ribulose-phosphate 3-epimerase family signature 2. / Ribulose-phosphate 3-epimerase family signature 1. / Ribulose-phosphate 3-epimerase-like / Ribulose-phosphate 3 epimerase family / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribulose-phosphate 3-epimerase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum tuberosum (ジャガイモ)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kopp, J. / Schulz, G.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Structure and mechanism of the amphibolic enzyme D-ribulose-5-phosphate 3-epimerase from potato chloroplasts.
著者: Kopp, J. / Kopriva, S. / Suss, K.H. / Schulz, G.E.
履歴
登録1998年12月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (RIBULOSE-PHOSPHATE 3-EPIMERASE)
B: PROTEIN (RIBULOSE-PHOSPHATE 3-EPIMERASE)
C: PROTEIN (RIBULOSE-PHOSPHATE 3-EPIMERASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,2216
ポリマ－73,9333
非ポリマー2883
水3,189177
1
A: PROTEIN (RIBULOSE-PHOSPHATE 3-EPIMERASE)
B: PROTEIN (RIBULOSE-PHOSPHATE 3-EPIMERASE)
C: PROTEIN (RIBULOSE-PHOSPHATE 3-EPIMERASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (RIBULOSE-PHOSPHATE 3-EPIMERASE)
B: PROTEIN (RIBULOSE-PHOSPHATE 3-EPIMERASE)
C: PROTEIN (RIBULOSE-PHOSPHATE 3-EPIMERASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,44312
ポリマ－147,8666
非ポリマー5766
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area16120 Å2
ΔGint-168 kcal/mol
Surface area46020 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)146.100, 146.100, 93.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.615618, -0.566417, -0.547872), (-0.721915, -0.126974, -0.680103), (0.315683, 0.814298, -0.487112)43.953, 85.756, -55.409
2given(0.615585, -0.722198, 0.315398), (-0.567238, -0.128436, 0.813339), (-0.546941, -0.679684, -0.488774)52.487, 80.938, 55.373

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (RIBULOSE-PHOSPHATE 3-EPIMERASE)


分子量: 24644.363 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum tuberosum (ジャガイモ) / Organelle: CHLOROPLAST / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q43843, ribulose-phosphate 3-epimerase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
21.5 Mammonium sulfate1drop
310 mM1dropNaCl
410 mMMOPS/NaOH1drop
51 mMEDTA1drop
61 mM1dropNaN3
72.8 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年1月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→35 Å / Num. obs: 49783 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 33.8 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Rsym value: 0.206 / % possible all: 87.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 265449 / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87.1 % / Rmerge(I) obs: 0.206

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
Agrovataデータ削減
X-PLOR3.8.5.1精密化
XDSデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.3→35 Å / Rfactor Rfree error: 0.0055 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: STANDARD BULK SOLVENT CORRECTION OF X-PLOR 3.851 USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 1500 3.01 %RANDOM
Rwork0.174 ---
obs-49783 97.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å / Luzzati d res low obs: 4.5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5196 0 15 177 5388
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.47
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.174
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.47

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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