+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rpn | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of GDP-D-mannose 4,6-dehydratase in complexes with GDP and NADPH | ||||||
![]() | GDP-mannose 4,6-dehydratase | ||||||
![]() | LYASE / short-chain dehydrogenase/reductase / Rossmann fold | ||||||
機能・相同性 | ![]() GDP-D-rhamnose biosynthetic process / GDP-mannose 4,6-dehydratase / GDP-mannose 4,6-dehydratase activity / GDP-mannose metabolic process / 'de novo' GDP-L-fucose biosynthetic process / O antigen biosynthetic process / lipopolysaccharide biosynthetic process / NADP+ binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Webb, N.A. / Mulichak, A.M. / Lam, J.S. / Rocchetta, H.L. / Garavito, R.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a tetrameric GDP-D-mannose 4,6-dehydratase from a bacterial GDP-D-rhamnose biosynthetic pathway. 著者: Webb, N.A. / Mulichak, A.M. / Lam, J.S. / Rocchetta, H.L. / Garavito, R.M. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 279.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 224 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.1 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 3.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 59.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 81.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1n7hS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
4 | ![]()
| ||||||||
5 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37849.805 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-NDP / #3: 化合物 | ChemComp-GDP / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.9 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: MPD, Tris, ammonium phosphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→30 Å / Num. all: 110070 / Num. obs: 108095 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 20 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 4 % / Num. unique all: 10063 / Rsym value: 0.079 / % possible all: 92.8 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.039 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 92.8 % / Rmerge(I) obs: 0.076 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1N7H 解像度: 2.15→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.8 Å2
| |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→30 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / Num. reflection obs: 110170 / % reflection Rfree: 4.9 % / Rfactor Rfree: 0.195 / Rfactor Rwork: 0.173 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|