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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rp1 | ||||||
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タイトル | DOG PANCREATIC LIPASE RELATED PROTEIN 1 | ||||||
要素 | PANCREATIC LIPASE RELATED PROTEIN 1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / LIPID DEGRADATION / PANCREATIC LIPASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Canis lupus familiaris (イヌ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Roussel, A. / Cambillau, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 1998 タイトル: Reactivation of the totally inactive pancreatic lipase RP1 by structure-predicted point mutations. 著者: Roussel, A. / de Caro, J. / Bezzine, S. / Gastinel, L. / de Caro, A. / Carriere, F. / Leydier, S. / Verger, R. / Cambillau, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rp1.cif.gz | 103.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1rp1.ent.gz | 79.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rp1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1rp1_validation.pdf.gz | 439.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1rp1_full_validation.pdf.gz | 446.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1rp1_validation.xml.gz | 21.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1rp1_validation.cif.gz | 32.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/1rp1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/1rp1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1thgS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49676.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 器官: PANCREAS / Secretion: PANCREATIC JUICE / 生物種: Canis lupus / 株: familiaris / 参照: UniProt: P06857, triacylglycerol lipase |
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#2: 糖 | ChemComp-NAG / |
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4.2 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20% PEG 8000 WITH 25MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER AT PH 4.2. | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法詳細: drop was diluted with an equal volume of the reservoir solution | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.97 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年9月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SPHERICAL GRATING MONOCHROMATOR / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→9 Å / Num. obs: 30017 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 33.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.368 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.368 / % possible all: 94.6 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94.6 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1THG 解像度: 2.1→9 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1300 / Data cutoff low absF: 70 / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 31.01 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.17 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.183 |