PDB-2ppl: Human Pancreatic lipase-related protein 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ppl

タイトル

Human Pancreatic lipase-related protein 1

要素

Pancreatic lipase-related protein 1

キーワード

HYDROLASE / LIPID DEGRADATION / PANCREATIC LIPASE / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

Digestion of dietary lipid / lipoprotein lipase activity / phospholipase A1 activity / triglyceride catabolic process / high-density lipoprotein particle remodeling / triacylglycerol lipase activity / carboxylic ester hydrolase activity / cholesterol homeostasis / fatty acid biosynthetic process / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Walker, J.R. / Davis, T. / Seitova, A. / Butler-Cole, C. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the Human Pancreatic Lipase-related Protein 1.
著者: Walker, J.R. / Davis, T. / Seitova, A. / Butler-Cole, C. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S.

履歴

登録	2007年4月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ppl.cif.gz	197.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ppl.ent.gz	157.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ppl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/2ppl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/2ppl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1rp1S 2oxe S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1hpl-2 1w52-d 2pvs-2 1hpl-1 6oan-2 1gpl-d 6p1a-2 4a22-2 4a22-1 1rp1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pancreatic lipase-related protein 1

ヘテロ分子

54.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.871, 62.871, 306.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Pancreatic lipase-related protein 1 分子量: 54026.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PNLIPRP1, PLRP1 / プラスミド: pFHMSP-LIC N 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): HIGH5 / 参照: UniProt: P54315, triacylglycerol lipase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.08 %
結晶化	温度: 291 K / pH: 6.5 詳細: 20% PEG 4000, 0.2M Ca acetate, 0.1 Na cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.0K, pH 6.50

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97923
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月29日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 32518 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.2 % / R_sym value: 0.113 / Net I/σ(I): 27.6
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / R_sym value: 0.306 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RP1

1rp1

解像度: 2.2→35.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 10.905 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23289	1660	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18008	-	-	-
obs	0.18268	30748	99.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.03 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.29 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→35.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3597	0	6	219	3822

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	3721
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.218	1.946	5056
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.936	5	472
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.496	24.826	172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.636	15	592
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.414	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	544
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2897
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	1597
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	2514
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.123	0.2	230
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.123	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.212	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.08	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.12	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.134	3	2325
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.456	4	3748
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.561	5	1446
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.353	7	1308
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.258 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.324	125	-
R_work	0.22	2189	-
obs	-	-	98.59 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1799	-0.052	0.3123	2.8569	2.2759	6.6754	-0.068	0.0397	0.0573	-0.0365	0.2221	-0.2388	-0.2126	0.4789	-0.154	0.1064	-0.0366	0.0175	0.1691	-0.0107	0.2018	35.457	-10.231	14.186
2	1.1266	0.1357	0.7297	0.207	0.1979	1.893	-0.0025	0.0589	-0.0936	-0.0145	0.0496	-0.0116	0.0884	0.0866	-0.0471	0.184	-0.0063	0.0113	0.152	-0.0093	0.2013	14.753	-24.65	4.594
3	6.7435	1.1554	1.9902	1.121	-0.3922	1.3826	0.0473	-0.0764	-0.3627	-0.0146	0.003	-0.0561	0.0633	-0.0722	-0.0503	0.1884	0.0003	0.0146	0.1384	-0.029	0.1727	12.128	-26.671	12.588
4	0.9363	0.0031	0.9736	0.0042	0.0485	1.4985	-0.0508	0.1545	-0.0176	-0.0446	0.0172	-0.0507	-0.0483	0.1352	0.0336	0.2005	-0.0184	-0.0029	0.2054	0.0017	0.2085	20.892	-14.683	6.149
5	0.3511	-0.147	-0.1189	0.4573	-0.0735	0.9807	-0.0036	-0.0512	0.0013	-0.0173	0.0241	-0.0151	-0.0361	0.0164	-0.0205	0.1827	-0.0115	0.0069	0.1889	-0.0034	0.2029	17.251	-12.285	20.697
6	1.1221	-0.5673	-0.0165	3.215	-0.5932	1.3898	-0.0024	0.0005	0.027	0.0811	0.0396	0.0522	-0.0862	0.0206	-0.0372	0.1676	-0.0054	-0.0043	0.1825	-0.0173	0.1561	12.701	-15.333	31.08
7	6.3049	0.1156	-3.599	0.8333	-1.1357	10.2247	-0.0372	-0.2738	0.0255	0.2441	0.0346	0.019	0.1777	0.291	0.0026	0.2609	-0.0222	0.001	0.0671	-0.0003	0.1813	28.56	-25.093	33.006
8	1.2835	-0.3716	-0.0706	0.4059	-0.1347	0.8846	0.0054	-0.0023	-0.0269	-0.0094	-0.0068	0.0169	0.0589	-0.0421	0.0014	0.1718	-0.0209	0.0009	0.1676	0.0122	0.1929	4.263	-17.361	29.628
9	1.7191	0.4325	0.3133	4.3999	-2.3478	2.5123	0.0398	-0.0841	0.0968	0.0593	-0.0673	0.0924	-0.0176	-0.0035	0.0274	0.1331	0.0136	0.0151	0.1716	-0.0002	0.1728	3.264	-14.615	28.998
10	0.4782	0.1601	-1.4116	0.6471	-0.0187	4.5139	0.0623	0.0551	0.0008	0.0349	0.0688	0.0065	-0.0267	-0.1256	-0.1311	0.153	-0.0021	-0.0039	0.1915	0.001	0.1929	-10.992	-19.505	48.323
11	0.8891	0.9705	0.3857	1.8475	2.5384	6.614	-0.0194	-0.0124	-0.0777	0.0237	0.0618	-0.0793	0.1402	-0.0747	-0.0424	0.1594	0.0132	0.0026	0.1588	0.0133	0.1999	-11.752	-23.562	45.998
12	0.3431	0.1015	-0.4062	0.4598	-0.5998	3.3468	-0.0382	0.0026	-0.0167	-0.0225	0.0318	0.0153	-0.0046	-0.0963	0.0064	0.1484	0.0137	-0.0066	0.162	-0.0066	0.1886	-13.681	-21.553	48.128
13	2.4514	-0.1075	-0.7784	1.1721	-1.4182	4.6607	0.0433	0.0458	-0.1709	0.0114	-0.0187	0.0985	0.0598	-0.1981	-0.0246	0.1828	0.0096	-0.0102	0.224	-0.013	0.1903	-21.309	-20.365	46.897

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	17 - 48	25 - 56
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	49 - 100	57 - 108
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	101 - 130	109 - 138
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	131 - 162	139 - 170
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	163 - 231	171 - 239
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	232 - 256	240 - 264
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	257 - 273	265 - 281
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	274 - 330	282 - 338
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	331 - 353	339 - 361
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	354 - 373	362 - 381
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	374 - 396	382 - 404
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	397 - 443	405 - 451
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	444 - 468	452 - 476

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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