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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1roz | ||||||
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タイトル | Deoxyhypusine synthase holoenzyme in its low ionic strength, high pH crystal form | ||||||
![]() | Deoxyhypusine synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Rossmann Fold / NAD cofactor / deoxyhypusine / hypusine / spermidine | ||||||
機能・相同性 | ![]() deoxyhypusine synthase / Hypusine synthesis from eIF5A-lysine / peptidyl-lysine modification to peptidyl-hypusine / deoxyhypusine synthase activity / spermidine metabolic process / spermidine catabolic process / positive regulation of T cell proliferation / glucose homeostasis / translation / positive regulation of cell population proliferation ...deoxyhypusine synthase / Hypusine synthesis from eIF5A-lysine / peptidyl-lysine modification to peptidyl-hypusine / deoxyhypusine synthase activity / spermidine metabolic process / spermidine catabolic process / positive regulation of T cell proliferation / glucose homeostasis / translation / positive regulation of cell population proliferation / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Umland, T.C. / Wolff, E.C. / Park, M.-H. / Davies, D.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A New Crystal Structure of Deoxyhypusine Synthase Reveals the Configuration of the Active Enzyme and of an Enzyme-NAD-Inhibitor Ternary Complex 著者: Umland, T.C. / Wolff, E.C. / Park, M.-H. / Davies, D.R. #1: ![]() タイトル: Crystal structure of the NAD complex of human deoxyhypusine synthase: an enzyme with a ball-and-chain mechanism for blocking the active site 著者: Liao, D.I. / Wolff, E.C. / Park, M.-H. / Davies, D.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 151 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 118 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 43.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a tetramer, and may be generated from the dimer contained within the asymmetric unit by the crystallographic two fold axis: x-y, -y, -z+1/3 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41012.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.11 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Tris-HCl, KCl, NAD, 2-methyl-2,4-pentanediol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年6月17日 / 詳細: monochromator |
放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.21→35 Å / Num. all: 50963 / Num. obs: 50963 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -6 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.85 % / Biso Wilson estimate: 19.6 Å2 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 9.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.21→2.29 Å / 冗長度: 3.4 % / Num. unique all: 4949 / Rsym value: 0.303 / % possible all: 99.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB Entry 1DHS 解像度: 2.21→35 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: NCS restraints employed
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原子変位パラメータ | Biso mean: 29 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.21→35 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.21→2.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.022
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