[日本語] English
- PDB-1rkc: Human vinculin head (1-258) in complex with talin's vinculin bind... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rkc
タイトルHuman vinculin head (1-258) in complex with talin's vinculin binding site 3 (residues 1944-1969)
要素
  • Talin
  • Vinculin
キーワードcell adhesion / structural protein / cytoskeleton / actin-binding / x-ray crystallography
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein localization to adherens junction / outer dense plaque of desmosome / inner dense plaque of desmosome / podosome ring / terminal web / cell-substrate junction / epithelial cell-cell adhesion / zonula adherens / fascia adherens / dystroglycan binding ...regulation of protein localization to adherens junction / outer dense plaque of desmosome / inner dense plaque of desmosome / podosome ring / terminal web / cell-substrate junction / epithelial cell-cell adhesion / zonula adherens / fascia adherens / dystroglycan binding / alpha-catenin binding / cell-cell contact zone / apical junction assembly / costamere / regulation of establishment of endothelial barrier / adherens junction assembly / axon extension / protein localization to cell surface / lamellipodium assembly / regulation of focal adhesion assembly / maintenance of blood-brain barrier / brush border / Smooth Muscle Contraction / ruffle / negative regulation of cell migration / cell-matrix adhesion / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / morphogenesis of an epithelium / cell projection / adherens junction / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / sarcolemma / cell-cell adhesion / beta-catenin binding / structural constituent of cytoskeleton / platelet aggregation / ruffle membrane / specific granule lumen / integrin binding / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / actin filament binding / cell-cell junction / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / Platelet degranulation / extracellular vesicle / actin binding / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / secretory granule lumen / molecular adaptor activity / ficolin-1-rich granule lumen / cytoskeleton / cell adhesion / cadherin binding / membrane raft / focal adhesion / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / structural molecule activity / cell surface / protein-containing complex / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Vinculin repeated domain signature. / Vinculin / Alpha-catenin/vinculin-like / Talin VBS2 domain / Vinculin-binding site-containing domain / Talin, central / Talin, central domain superfamily / Talin-1/2, rod-segment / : / : ...Vinculin repeated domain signature. / Vinculin / Alpha-catenin/vinculin-like / Talin VBS2 domain / Vinculin-binding site-containing domain / Talin, central / Talin, central domain superfamily / Talin-1/2, rod-segment / : / : / Vinculin Binding Site / Talin, middle domain / Talin, R4 domain / Talin 1-like, rod segment domain / Talin, N-terminal F0 domain / : / N-terminal or F0 domain of Talin-head FERM / Talin IBS2B domain / Vinculin, conserved site / Vinculin family talin-binding region signature. / Vinculin/alpha-catenin / Vinculin family / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain superfamily / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain profile. / I/LWEQ domain / Phosphotyrosine-binding domain / IRS-type PTB domain / PTB domain (IRS-1 type) / Alpha-catenin/vinculin-like superfamily / FERM, N-terminal / FERM N-terminal domain / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / FERM domain signature 2. / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Vinculin / Talin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Izard, T. / Evans, G. / Borgon, R.A. / Rush, C.L. / Bricogne, G. / Bois, P.R.
引用ジャーナル: Nature / : 2004
タイトル: Vinculin activation by talin through helical bundle conversion
著者: Izard, T. / Evans, G. / Borgon, R.A. / Rush, C.L. / Bricogne, G. / Bois, P.R.
履歴
登録2003年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Vinculin
B: Talin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3952
ポリマ-32,3952
非ポリマー00
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2460 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area15420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.680, 155.680, 155.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number214
Space group name H-MI4132

-
要素

#1: タンパク質 Vinculin


分子量: 29489.982 Da / 分子数: 1 / 断片: vinculin head (residues 1-258) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VCL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18206
#2: タンパク質・ペプチド Talin


分子量: 2905.392 Da / 分子数: 1 / 断片: binding site 3 (residues 1944-1969) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P54939

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 293 K / pH: 4
詳細: 2% MPD; 100 mM citric acid (pH 4); 100 mM CdCl2, pH 4.0, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 4 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
12 %MPD1reservoir
2100 mMcitric acid1reservoirpH4
3100 mM1reservoirCdCl

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793,1.2545,0.9793
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: MIRAS / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
21.25451
反射解像度: 2.7→15 Å / Num. all: 9051 / Num. obs: 9051 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 99.3 Å2
反射
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 45 Å / Num. all: 9121 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 19.6 % / Num. measured all: 178681 / Rmerge(I) obs: 0.1
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 2.85 Å / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.4 % / Num. unique obs: 1290 / Num. measured obs: 6993 / Rmerge(I) obs: 0.497

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
d*TREKデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
BUSTER-TNT精密化
d*TREKデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→15 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.335 433 4.8 %RANDOM
Rwork0.244 ---
all-9051 --
obs-9051 99.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 90 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 111.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2223 0 0 0 2223
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.263
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.78 Å / Rfactor Rfree: 0.298 / Rfactor Rwork: 0.248 / Total num. of bins used: 9
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 15 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: t_bond_d / Dev ideal: 0.01
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る