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- PDB-1rj4: Structure of a Cell Wall Invertase Inhibitor from Tobacco in Comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rj4
タイトルStructure of a Cell Wall Invertase Inhibitor from Tobacco in Complex with Cd2+
要素invertase inhibitor
キーワードPROTEIN BINDING / FOUR-HELIX BUNDLE / HELICAL HAIRPIN / CADMIUM COORDINATION / BIS-TRIS BUFFER
機能・相同性
機能・相同性情報


plant-type cell wall modification / plant-type cell wall / enzyme inhibitor activity / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Cell wall/vacuolar inhibitor of fructosidase / Invertase/pectin methylesterase inhibitor family protein / Pectinesterase inhibitor domain / Invertase/pectin methylesterase inhibitor domain superfamily / Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor / Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Cell wall / vacuolar inhibitor of fructosidase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Nicotiana tabacum (タバコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hothorn, M. / D'Angelo, I. / Marquez, J.A. / Greiner, S. / Scheffzek, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: The invertase inhibitor Nt-CIF from tobacco: a highly thermostable four-helix bundle with an unusual N-terminal extension
著者: Hothorn, M. / D'Angelo, I. / Marquez, J.A. / Greiner, S. / Scheffzek, K.
履歴
登録2003年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: invertase inhibitor
B: invertase inhibitor
C: invertase inhibitor
D: invertase inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,09016
ポリマ－64,3544
非ポリマー1,73612
水4,252236
1
A: invertase inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5234
ポリマ－16,0881
非ポリマー4343
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: invertase inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5234
ポリマ－16,0881
非ポリマー4343
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: invertase inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5234
ポリマ－16,0881
非ポリマー4343
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: invertase inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5234
ポリマ－16,0881
非ポリマー4343
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.170, 95.639, 126.191
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a monomer in solution

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要素

#1: タンパク質
invertase inhibitor


分子量: 16088.454 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / 組織: cell wall / 遺伝子: NTINH1 / プラスミド: pETM20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami(DE3) / 参照: UniProt: O49908
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物
ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER


分子量: 209.240 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 4.0M sodium formate, 0.1M bis-Tris buffer, 0.03 M CDCl2, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Hothorn, M., (2003) Acta Cryst., D59, 2279.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
112 mg/mlprotein1drop
24 Msodium formate1reservoir
30.1 MBis-Tris1reservoirpH7.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→19.67 Å / Num. all: 49180 / Num. obs: 49162 / % possible obs: 1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 23.6 Å2 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 16.09
反射 シェル解像度: 2→2.15 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 7.72 / Num. unique all: 9425 / Rsym value: 0.258 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Num. obs: 49059 / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.081
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Num. unique obs: 9428 / Rmerge(I) obs: 0.258

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2→19.67 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2195351.76 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 2455 5 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.212 49095 100 %-
all-49095 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.1757 Å2 / ksol: 0.38682 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.86 Å20 Å20 Å2
2---6.18 Å20 Å2
3---7.04 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4392 0 64 236 4692
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.16
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 404 5 %
Rwork0.235 7675 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 49059
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg18.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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