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万見
- PDB-1rh5: The structure of a protein conducting channel -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rh5
タイトルThe structure of a protein conducting channel
要素
  • Preprotein translocase secE subunit
  • Preprotein translocase secY subunit
  • SecBeta
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Protein translocation / SecY / Membrane Protein / Protein Channels
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular protein transmembrane transport / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / protein secretion / protein transmembrane transporter activity / protein targeting / protein transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Preprotein translocase SecE subunit / Preprotein translocase SecY subunit / SecY subunit domain / Preprotein translocase subunit SecG / Protein translocase subunit SecY / Protein transport protein SecG/Sec61-beta/Sbh / Sec61beta family / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain ...Preprotein translocase SecE subunit / Preprotein translocase SecY subunit / SecY subunit domain / Preprotein translocase subunit SecG / Protein translocase subunit SecY / Protein transport protein SecG/Sec61-beta/Sbh / Sec61beta family / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily / SecY conserved site / SecY / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Preprotein translocase subunit SecG / Protein translocase subunit SecE / Protein translocase subunit SecY
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者van den Berg, B. / Clemons Jr., W.M. / Collinson, I. / Modis, Y. / Hartmann, E. / Harrison, S.C. / Rapoport, T.A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2004
タイトル: X-ray structure of a protein-conducting channel
著者: van den Berg, B. / Clemons Jr., W.M. / Collinson, I. / Modis, Y. / Hartmann, E. / Harrison, S.C. / Rapoport, T.A.
履歴
登録2003年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 999sequence No suitable sequence database reference was available for chain C at the time of ...sequence No suitable sequence database reference was available for chain C at the time of processing this file.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Preprotein translocase secY subunit
B: Preprotein translocase secE subunit
C: SecBeta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9313
ポリマ－61,9313
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6090 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area24770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.930, 156.650, 69.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細Biological assembly consists of a tetramer.

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要素

#1: タンパク質 Preprotein translocase secY subunit


分子量: 47512.879 Da / 分子数: 1 / 変異: R422K, T423V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: SECY, MJ0478 / プラスミド: pBAD22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: Q60175
#2: タンパク質 Preprotein translocase secE subunit / Protein transport protein SEC61 gamma subunit homolog


分子量: 8451.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: SECE, MJ0371 / プラスミド: pBAD22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: Q57817
#3: タンパク質 SecBeta


分子量: 5967.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
プラスミド: pBAD22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: P60460*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.93 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: Peg 400, Glycine buffer, glycerol, sodium chloride, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 9.5 / PH range high: 9
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
15-10 mg/mlprotein1drop
250-55 %PEG4001reservoir
350 mMglycine1reservoirpH9.0-9.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 8-BM / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月1日
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→10 Å / Num. all: 18818 / Num. obs: 17396 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 26.9
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.24 / Num. unique all: 1439 / Rsym value: 0.44 / % possible all: 76.1
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / % possible obs: 76.1 % / Num. unique obs: 1439 / Rmerge(I) obs: 0.44

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.2→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 348802.96 / Data cutoff high rms absF: 348802.96 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 1648 9.8 %RANDOM
Rwork0.242 ---
obs0.242 16736 90.1 %-
all-18559 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 61.7652 Å2 / ksol: 0.309755 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 97.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--19.24 Å20 Å20 Å2
2---7.36 Å20 Å2
3---26.6 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.53 Å0.44 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.63 Å0.57 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3852 0 0 0 3852
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 220 10.1 %
Rwork0.375 1968 -
obs--72.1 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.287
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.23
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.83
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 3.31 Å / Rfactor Rfree: 0.442 / Rfactor Rwork: 0.414

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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