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万見
- PDB-1rgz: Enterobacter cloacae GC1 Class C beta-Lactamase Complexed with Tr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rgz
タイトルEnterobacter cloacae GC1 Class C beta-Lactamase Complexed with Transition-State Analog of Cefotaxime
要素class C beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / cephalosporinase / enzyme inhibition / phosphonate / beta-lactam antibiotics / drug design
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-C active site / Beta-lactamase class-C active site. / : / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PTX / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacter cloacae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.37 Å
データ登録者Nukaga, M. / Kumar, S. / Nukaga, K. / Pratt, R.F. / Knox, J.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Hydrolysis of third-generation cephalosporins by class C beta-lactamases. Structures of a transition state analog of cefotoxamine in wild-type and extended spectrum enzymes.
著者: Nukaga, M. / Kumar, S. / Nukaga, K. / Pratt, R.F. / Knox, J.R.
履歴
登録2003年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: class C beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9864
ポリマ－39,5081
非ポリマー4783
水7,170398
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.38, 68.84, 61.99
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-507-

HOH

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要素

#1: タンパク質 class C beta-lactamase


分子量: 39508.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア)
遺伝子: BLA / プラスミド: pHSG398 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): AS226-51 / 参照: UniProt: P05364, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-PTX / {[(2E)-2-(2-AMINO-1,3-THIAZOL-4-YL)-2-(METHOXYIMINO)ETHANOYL]AMINO}METHYLPHOSPHONIC ACID


分子量: 294.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H11N4O5PS
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.32 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 8000, HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9474 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9474 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.37→50 Å / Num. all: 64695 / Num. obs: 64695 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 11.1 / 冗長度: 5 % / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.37→1.42 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 5154 / Rsym value: 0.421 / % possible all: 77.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GCE

1gce


解像度: 1.37→20 Å / Num. parameters: 29748 / Num. restraintsaints: 37290 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The author notes that residues 219 to 225 in the omega loop, have 2 conformations (with 0.75 and 0.25 occupancies, conformers A and B respectively). Only the higher occupancy conformer (A) ...詳細: The author notes that residues 219 to 225 in the omega loop, have 2 conformations (with 0.75 and 0.25 occupancies, conformers A and B respectively). Only the higher occupancy conformer (A) binds the phosphonate ligand (PTX). The preceeding residue (218) is also only linked to conformer A of residue 219. Likewise, there are two sets of water molecules in the binding site with corresponding occupancies. Therefore some waters appear to overlap with each other or with the ligand and are listed as close contacts in remark 500.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.195 3215 5 %RANDOM
Rwork0.139 ---
all0.142 64648 --
obs0.139 64648 95.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17.8 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.1 Å / Num. disordered residues: 34 / Occupancy sum hydrogen: 2675 / Occupancy sum non hydrogen: 3178.25
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.37→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2761 0 29 398 3188
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.033
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0298
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.062
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.064
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.081
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.003
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.05
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.085

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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