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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rgy | ||||||
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タイトル | Citrobacter freundii GN346 Class C beta-Lactamase Complexed with Transition-State Analog of Cefotaxime | ||||||
要素 | beta-lactamaseΒ-ラクタマーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / cephalosporinase / enzyme inhibition (酵素阻害剤) / phosphonate / beta-lactam antibiotics (Β-ラクタム系抗生物質) / drug design (医薬品設計) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / Β-ラクタマーゼ / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Citrobacter freundii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.52 Å | ||||||
データ登録者 | Nukaga, M. / Kumar, S. / Nukaga, K. / Pratt, R.F. / Knox, J.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004 タイトル: Hydrolysis of third-generation cephalosporins by class C beta-lactamases. Structures of a transition state analog of cefotoxamine in wild-type and extended spectrum enzymes. 著者: Nukaga, M. / Kumar, S. / Nukaga, K. / Pratt, R.F. / Knox, J.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rgy.cif.gz | 93.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1rgy.ent.gz | 69.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rgy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/1rgy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/1rgy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39834.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Citrobacter freundii (バクテリア) 遺伝子: BLA / Plasmid details: pHSG398 derivative / プラスミド: pCFC-plac-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): AS226-51 / 参照: UniProt: P05193, Β-ラクタマーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-PTX / {[( |
#3: 化合物 | ChemComp-MPD / ( |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 8000, HEPES, MPD, Urea, phosphonate inhibitor, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL40B2 / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.52→50 Å / Num. all: 56830 / Num. obs: 56830 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 9.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.52→1.57 Å / 冗長度: 12.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 5391 / Rsym value: 0.904 / % possible all: 93.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1FR1 解像度: 1.52→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1336854.26 / Data cutoff high rms absF: 1336854.26 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.8805 Å2 / ksol: 0.316854 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.52→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.52→1.62 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
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