PDB-1fr1: REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF BETA-LACTAMASE FROM CITROBACTER FREU...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1fr1

タイトル

REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF BETA-LACTAMASE FROM CITROBACTER FREUNDII INDICATES A MECHANISM FOR BETA-LACTAM HYDROLYSIS

要素

BETA-LACTAMASE

キーワード

HYDROLASE / Antibiotic Resistance / Class C Beta-lactamase

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Citrobacter freundii (バクテリア)

手法

X線回折 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Oefner, C. / D'Arcy, A. / Daly, J.J. / Winkler, F.K.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 1990
タイトル: Refined crystal structure of beta-lactamase from Citrobacter freundii indicates a mechanism for beta-lactam hydrolysis.
著者: Oefner, C. / D'Arcy, A. / Daly, J.J. / Gubernator, K. / Charnas, R.L. / Heinze, I. / Hubschwerlen, C. / Winkler, F.K.

履歴

登録	2000年9月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月4日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1fr1.cif.gz	156.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1fr1.ent.gz	125.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1fr1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/1fr1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/1fr1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1fr6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5wac-2 1fco-1 5f1g-d 5w13-4 6tzf-1 4kzb-1 5waf-2 6xg1-2 1my8-2 1kvm-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: BETA-LACTAMASE

B: BETA-LACTAMASE

79.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: BETA-LACTAMASE

登録者が定義した集合体
39.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: BETA-LACTAMASE

登録者が定義した集合体
39.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.07, 84.63, 89.77
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	BETA-LACTAMASE 分子量: 39755.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Citrobacter freundii (バクテリア) / 株: 1203 / 参照: UniProt: Q46041, beta-lactamase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 452 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.46 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1.6M sodium-potassium phosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 277 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-21 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1989年1月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. all: 51312 / Num. obs: 46181 / Observed criterion σ(I): 3 / R_merge(I) obs: 0.07

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CCP4	PHASE	モデル構築
TNT		精密化
X-GEN		データ削減
X-GEN		データスケーリング
CCP4	(PHASE)	位相決定

精密化

解像度: 2→6 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: tnt

	R_factor	反射数	%反射
obs	0.182	44634	87 %
R_free	-	0	-
all	-	51312	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5605	0	0	452	6057

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.024
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	2.5

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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