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- PDB-1rgf: HYDROLASE, GUANYLORIBONUCLEASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rgf
タイトルHYDROLASE, GUANYLORIBONUCLEASE
要素RIBONUCLEASE
キーワードHYDROLASE (GUANYLORIBONUCLEASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease T1 / ribonuclease T1 activity / RNA endonuclease activity / lyase activity / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Microbial ribonucleases / Guanine-specific ribonuclease N1/T1/U2 / Ribonuclease/ribotoxin / ribonuclease / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanyl-specific ribonuclease Sa
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces aureofaciens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Sevcik, J. / Dauter, Z. / Lamzin, V.S. / Wilson, K.S.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: Ribonuclease from Streptomyces aureofaciens at atomic resolution.
著者: Sevcik, J. / Dauter, Z. / Lamzin, V.S. / Wilson, K.S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993
タイトル: Complex of Ribonuclease from Streptomyces Aureofaciens with 2'-Gmp at 1.7A Resolution
著者: Sevcik, J. / Hill, C.P. / Dauter, Z. / Wilson, K.S.
#2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1993
タイトル: Complex of Ribonuclease Sa with a Cyclic Nucleotide and a Proposed Model for the Reaction Intermediate
著者: Sevcik, J. / Zegers, I. / Wyns, L. / Dauter, Z. / Wilson, K.S.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1991
タイトル: Determination and Restrained Least-Squares Refinement of the Structures of Ribonuclease Sa and its Complex with 3'-Guanylic Acid at 1.8 A Resolution
著者: Sevcik, J. / Dodson, E.J. / Dodson, G.G.
#4: ジャーナル: Trends Biochem.Sci. / 年: 1990
タイトル: Comparison of Active Sites of Some Microbial Ribonucleases: Structural Basis for Guanylic Specificity
著者: Sevcik, J. / Sanishvili, R.G. / Pavlovsky, A.G. / Polyakov, K.M.
#5: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1986
タイトル: Amino Acid Sequence Determination of Guanyl-Specific Ribonuclease Sa from Streptomyces Aureofaciens
著者: Shlyapnikov, S.V. / Both, V. / Kulikov, V.A. / Dementiev, A.A. / Sevcik, J. / Zelinka, J.
#6: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 1971
タイトル: Exocellular Ribonuclease from Streptomyces Aureofaciens. I. Isolation and Purification
著者: Bacova, M. / Zelinkova, E. / Zelinka, J.
#7: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 1971
タイトル: Exocellular Ribonuclease from Streptomyces Aureofaciens. II. Properties and Specificity
著者: Zelinkova, E. / Bacova, M. / Zelinka, J.
履歴
登録1995年6月5日処理サイト: BNL
改定 1.01996年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
改定 1.42024年11月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBONUCLEASE
B: RIBONUCLEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3574
ポリマ－21,1652
非ポリマー1922
水6,936385
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.820, 78.560, 39.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.97236, 0.22911, 0.0451), (-0.04232, 0.36287, -0.93088), (-0.22964, 0.90324, 0.36253)
ベクター: -33.29366, 21.1845, 18.72934)

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要素

#1: タンパク質 RIBONUCLEASE


分子量: 10582.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Streptomyces aureofaciens (バクテリア)
参照: UniProt: P05798, EC: 3.1.27.3
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細SECONDARY STRUCTURE BOUNDARIES HAVE BEEN DETERMINED USING SS PROGRAM (V.S.LAMZIN, EMBL HAMBURG) AS ...SECONDARY STRUCTURE BOUNDARIES HAVE BEEN DETERMINED USING SS PROGRAM (V.S.LAMZIN, EMBL HAMBURG) AS DESCRIBED IN V.S.LAMZIN,Z.DAUTER,V.O.POPOV,E.H.HARUTYUNYAN,K.S.WILSON J.MOL.BIOL. (1994) V.236, 759-785.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.6 %
結晶化pH: 6.7 / 詳細: ROOM TEMPERATURE, PH 6.7, AMMONIUM SULFATE / Temp details: room temp
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
13.0 %protein1drop
20.1 Mphosphate1drop
322 %satammonium sulfate1reservoir

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.92
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年11月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.039
反射
*PLUS
最高解像度: 1.2 Å / Num. obs: 60670 / % possible obs: 95.3 % / Num. measured all: 246637 / Biso Wilson estimate: 10.8 Å2

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXL-93モデル構築
SHELXL-93精密化
SHELXL-93位相決定
精密化解像度: 1.2→10 Å / σ(F): 0 /
反射数%反射
obs57561 95 %
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1490 0 0 385 1875
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0210.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0380.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0410.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.23
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.35
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it6.56
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it98
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0180.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1490.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.170.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2750.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.270.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.73
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor1515
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor12.620
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.167
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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