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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rfk | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of 2Fe2S Ferredoxin from Thermophilic Cyanobacterium Mastigocladus Laminosus | ||||||
要素 | Ferredoxin | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT / FERREDOXIN / THERMOSTABILITY | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mastigocladus laminosus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å | ||||||
データ登録者 | Fish, A. / Nechushtai, R. / Livnah, O. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005 タイトル: Structural basis for the thermostability of ferredoxin from the cyanobacterium Mastigocladus laminosus. 著者: Fish, A. / Danieli, T. / Ohad, I. / Nechushtai, R. / Livnah, O. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003 タイトル: Purification, crystallization and preliminary X-ray analysis of ferredoxin isolated from thermophilic cyanobacterium mastigocladus laminosus 著者: Fish, A. / Lebendiker, M. / Nechushtai, R. / Livnah, O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rfk.cif.gz | 55.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1rfk.ent.gz | 40.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rfk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1rfk_validation.pdf.gz | 380.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1rfk_full_validation.pdf.gz | 379.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1rfk_validation.xml.gz | 5.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1rfk_validation.cif.gz | 9.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/1rfk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/1rfk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10622.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P00248 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.96 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 40% PEG 4000, 0.3M Mg(NO3)2, 20mM Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.25→40 Å / Num. obs: 44557 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.5 % / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 18.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.25→1.27 Å / Num. unique all: 2170 / Rsym value: 0.247 / % possible all: 96 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.25→40 Å / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.25→40 Å
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