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- PDB-1rdt: Crystal Structure of a new rexinoid bound to the RXRalpha ligand ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rdt
タイトルCrystal Structure of a new rexinoid bound to the RXRalpha ligand binding doamin in the RXRalpha/PPARgamma heterodimer
要素
  • (LxxLL motif coactivator) x 2
  • Peroxisome proliferator activated receptor gamma
  • Retinoic acid receptor RXR-alpha
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / Hormone / receptor / polymorphism / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of transporter activity / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / Carnitine shuttle ...positive regulation of transporter activity / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / Carnitine shuttle / protein N-acetyltransferase activity / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / retinoic acid binding / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / regulation of smoothened signaling pathway / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / MRF binding / TGFBR3 expression / prostaglandin receptor activity / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / MECP2 regulates transcription factors / nuclear vitamin D receptor binding / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / RUNX3 regulates NOTCH signaling / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / : / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Regulation of NFE2L2 gene expression / arachidonate binding / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / positive regulation of adiponectin secretion / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / Signaling by Retinoic Acid / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / TRAF6 mediated IRF7 activation / DNA binding domain binding / lipoprotein transport / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / protein-lysine-acetyltransferase activity / WW domain binding / STAT family protein binding / embryonic digit morphogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / positive regulation of fatty acid metabolic process / nuclear steroid receptor activity / protein acetylation / response to lipid / hypothalamus development / male mating behavior / negative regulation of SMAD protein signal transduction / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / homeostatic process / LBD domain binding / Notch-HLH transcription pathway / negative regulation of cholesterol storage / Formation of paraxial mesoderm / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / acetyltransferase activity / histone acetyltransferase activity / FOXO-mediated transcription of cell death genes / lipid homeostasis / E-box binding / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / Zygotic genome activation (ZGA) / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / alpha-actinin binding / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / R-SMAD binding / monocyte differentiation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / white fat cell differentiation / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / Synthesis of bile acids and bile salts / histone acetyltransferase complex / negative regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of cholesterol efflux / cell fate commitment / negative regulation of mitochondrial fission / negative regulation of osteoblast differentiation
類似検索 - 分子機能
Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger ...Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Nuclear receptor coactivator 1 / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Peroxisome proliferator-activated receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / : / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-570 / Chem-L79 / Retinoic acid receptor RXR-alpha / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Nuclear receptor coactivator 1 / CREB-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Haffner, C.D. / Lenhard, J.M. / Miller, A.B. / McDougald, D.L. / Dwornik, K. / Ittoop, O.R. / Gampe Jr., R.T. / Xu, H.E. / Blanchard, S. / Montana, V.G.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structure-based design of potent retinoid X receptor alpha agonists.
著者: Haffner, C.D. / Lenhard, J.M. / Miller, A.B. / McDougald, D.L. / Dwornik, K. / Ittoop, O.R. / Gampe Jr., R.T. / Xu, H.E. / Blanchard, S. / Montana, V.G. / Consler, T.G. / Bledsoe, R.K. / Ayscue, A. / Croom, D.
履歴
登録2003年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
B: LxxLL motif coactivator
D: Peroxisome proliferator activated receptor gamma
E: LxxLL motif coactivator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7726
ポリマ－64,8474
非ポリマー9252
水3,693205
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.69, 54.58, 211.70
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AD

#1: タンパク質 Retinoic acid receptor RXR-alpha / RXRalpha


分子量: 27114.465 Da / 分子数: 1 / 断片: ligand binding doamin / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RXRA, NR2B1 / プラスミド: pACYC184 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P19793
#3: タンパク質 Peroxisome proliferator activated receptor gamma / PPAR-gamma


分子量: 32557.824 Da / 分子数: 1 / 断片: ligand binding doamin / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARG, NR1C3 / プラスミド: pRSET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37231

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タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 BE

#2: タンパク質・ペプチド LxxLL motif coactivator


分子量: 2806.163 Da / 分子数: 1 / 断片: LxxLL peptide / 由来タイプ: 合成 / 参照: UniProt: Q15788*PLUS
#4: タンパク質・ペプチド LxxLL motif coactivator


分子量: 2368.647 Da / 分子数: 1 / 断片: LxxLL peptide / 由来タイプ: 合成 / 参照: UniProt: Q92793*PLUS

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非ポリマー , 3種, 207分子

#5: 化合物 ChemComp-L79 / (S)-(2E)-3[4-(5,5,8,8-TETRAMETHYL-5,6,7,8-TETRAHYDRO-2-NAPHTHALENYL)TETRAHYDRO-1-BENZOFURAN-2-YL]-2-PROPENOIC ACID


分子量: 378.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H30O3
#6: 化合物 ChemComp-570 / 2-(2-BENZOYL-PHENYLAMINO)-3-{4-[2-(5-METHYL-2-PHENYL-OXAZOL-4-YL)-ETHOXY]-PHENYL}-PROPIONIC ACID / GI262570 / Farglitazar / ファルグリタザル


分子量: 546.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H30N2O5 / コメント: アゴニスト*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.43 %
結晶化温度: 295 K / pH: 7.5
詳細: 17% PEG 4K, 200mM NaSCN, 8% ethylene glycol, 8% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K, pH 7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 25137 / % possible obs: 98.6 % / Biso Wilson estimate: 34.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 36.9
反射 シェル最高解像度: 2.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.422 / % possible all: 86.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
CNX2000精密化
HKL-2000データスケーリング
CNX2000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FM9

1fm9


解像度: 2.4→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.06 / Data cutoff low absF: 330222 / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 2121 9.9 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs-21429 97.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 41.3 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3756 0 69 205 4030
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.69
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 359 10.6 %
Rwork0.235 3032 -
obs--94.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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