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- PDB-1rdf: G50P mutant of phosphonoacetaldehyde hydrolase in complex with su... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rdf
タイトルG50P mutant of phosphonoacetaldehyde hydrolase in complex with substrate analogue vinyl sulfonate
要素phosphonoacetaldehyde hydrolase
キーワードHYDROLASE / haloacid dehalogenase / specificity loop / phosphonatase / Schiff-base
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphonoacetaldehyde hydrolase / phosphonoacetaldehyde hydrolase activity / organic phosphonate catabolic process / phosphoglycolate phosphatase activity / DNA repair / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphonoacetaldehyde hydrolase / : / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily ...Phosphonoacetaldehyde hydrolase / : / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANESULFONIC ACID / Phosphonoacetaldehyde hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Lahiri, S.D. / Zhang, G. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Analysis of the substrate specificity loop of the HAD superfamily cap domain
著者: Lahiri, S.D. / Zhang, G. / Dai, J. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N.
履歴
登録2003年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: phosphonoacetaldehyde hydrolase
B: phosphonoacetaldehyde hydrolase
C: phosphonoacetaldehyde hydrolase
D: phosphonoacetaldehyde hydrolase
E: phosphonoacetaldehyde hydrolase
F: phosphonoacetaldehyde hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,10818
ポリマ－183,3016
非ポリマー80712
水5,152286
1
A: phosphonoacetaldehyde hydrolase
C: phosphonoacetaldehyde hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3696
ポリマ－61,1002
非ポリマー2694
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: phosphonoacetaldehyde hydrolase
D: phosphonoacetaldehyde hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3696
ポリマ－61,1002
非ポリマー2694
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2470 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area23930 Å2
手法PISA
3
E: phosphonoacetaldehyde hydrolase
F: phosphonoacetaldehyde hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3696
ポリマ－61,1002
非ポリマー2694
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
E: phosphonoacetaldehyde hydrolase
F: phosphonoacetaldehyde hydrolase
ヘテロ分子

E: phosphonoacetaldehyde hydrolase
F: phosphonoacetaldehyde hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,73812
ポリマ－122,2014
非ポリマー5388
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_756-x+2,y,-z+11
Buried area7850 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area44420 Å2
手法PISA
5
A: phosphonoacetaldehyde hydrolase
ヘテロ分子

B: phosphonoacetaldehyde hydrolase
C: phosphonoacetaldehyde hydrolase
D: phosphonoacetaldehyde hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,73812
ポリマ－122,2014
非ポリマー5388
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8210 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area45020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)181.714, 147.348, 131.308
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 125.21, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
phosphonoacetaldehyde hydrolase


分子量: 30550.156 Da / 分子数: 6 / 変異: G50P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O31156
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-ESA / ETHANESULFONIC ACID


分子量: 110.132 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.2M ammonium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月28日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→100 Å / Num. obs: 53643 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 26.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.29 / Rsym value: 0.28 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.393 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 77509 / Rsym value: 0.23 / % possible all: 56

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FEZ

1fez


解像度: 2.8→34.09 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 361966.02 / Data cutoff high rms absF: 361966.02 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 5437 10.1 %RANDOM
Rwork0.23 ---
all0.24 59080 --
obs0.23 53643 77.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 28.8633 Å2 / ksol: 0.317618 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.36 Å20 Å216.21 Å2
2---7.48 Å20 Å2
3---5.12 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.54 Å0.42 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.86 Å0.72 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→34.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12599 0 42 286 12927
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.88
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.446 681 10.2 %
Rwork0.371 6025 -
obs--58 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4VSO.PARAMVSO.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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