PDB-1rat: EFFECTS OF TEMPERATURE ON PROTEIN STRUCTURE AND DYNAMICS: X-RAY C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1rat

タイトル

EFFECTS OF TEMPERATURE ON PROTEIN STRUCTURE AND DYNAMICS: X-RAY CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES OF THE PROTEIN RIBONUCLEASE-A AT NINE DIFFERENT TEMPERATURES FROM 98 TO 320 K

要素

RIBONUCLEASE A

キーワード

HYDROLASE (NUCLEIC ACID / RNA)

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Tiltonjunior, R.F. / Dewan, J.C. / Petsko, G.A.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992
タイトル: Effects of temperature on protein structure and dynamics: X-ray crystallographic studies of the protein ribonuclease-A at nine different temperatures from 98 to 320 K.
著者: Tilton Jr., R.F. / Dewan, J.C. / Petsko, G.A.

履歴

登録	1991年8月13日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1993年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年6月5日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1rat.cif.gz	33.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1rat.ent.gz	22.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1rat.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1rat_validation.pdf.gz	367.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1rat_full_validation.pdf.gz	372.7 KB	表示
XML形式データ	1rat_validation.xml.gz	4.6 KB	表示
CIF形式データ	1rat_validation.cif.gz	6.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/1rat ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/1rat	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ratC 3ratC 4ratC 5ratC 6ratC 7ratC 8ratC 9ratC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2rat-d 2w5g-1 5rat-d 4ooh-d 6rat-d 5d97-d 4rat-d 4j67-d 1rob-d 5jmg-2 1jn4-2 1eos-1 1kf4-d 3d8y-2 1rnz-d 3dxg-2 1jvu-2 1o0f-2 1qhc-2 1rnw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9)

登録構造単位

A: RIBONUCLEASE A

13.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	29.480, 38.080, 52.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.09, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

Atom site foot note

1: RESIDUES PRO 93 AND PRO 114 ARE CIS-PROLINES.

#1: タンパク質	RIBONUCLEASE A 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.96 %

結晶化

*PLUS

温度: 20 ℃ / pH: 5.5 / 手法: batch method / 詳細: Tilton Jr., R.F., (1992) Biochemistry, 31, 2469.

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式
1	12 mg/ml	protein	1	1
2	0.2 M		1	1	NaOH
3	50 %(v/v)	methanol	1	1

-
データ収集

放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	PLUS 最高解像度: 1.5 Å / Num. obs: 11214 / Observed criterion σ(I)*: 2

-
解析

ソフトウェア

名称: PROLSQ / 分類: 精密化

精密化

最高解像度: 1.5 Å / σ(I): 2 /

	R_factor	反射数
obs	0.171	11214

精密化ステップ

サイクル: LAST / 最高解像度: 1.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	951	0	0	0	951

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	p_bond_d	0.024	0.03
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d	0.034	0.04
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_deg
X-RAY DIFFRACTION	p_planar_d	0.045	0.05
X-RAY DIFFRACTION	p_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTION	p_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	p_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	p_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	p_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	p_plane_restr	0.016	0.025
X-RAY DIFFRACTION	p_chiral_restr	0.139	0.15
X-RAY DIFFRACTION	p_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTION	p_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTION	p_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTION	p_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTION	p_planar_tor	3.3	5
X-RAY DIFFRACTION	p_staggered_tor	13.7	15
X-RAY DIFFRACTION	p_orthonormal_tor	16.7	15
X-RAY DIFFRACTION	p_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTION	p_special_tor

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.5 Å / R_factor obs: 0.171 / Num. reflection obs: 11214

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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