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- PDB-1ram: A NOVEL DNA RECOGNITION MODE BY NF-KB P65 HOMODIMER -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ram
タイトルA NOVEL DNA RECOGNITION MODE BY NF-KB P65 HOMODIMER
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*CP*CP*G)-3')
  • PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR NF-KB P65)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / COMPLEX (TRANSCRIPTION FACTOR-DNA) / DNA-BINDING / TRANSCRIPTION REGULATION / REL / ACTIVATOR / NUCLEAR PROTEIN / PHOSPHORYLATION / CONFORMATION / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMOylation of immune response proteins / Regulated proteolysis of p75NTR / Interleukin-1 processing / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / TRAF6 mediated NF-kB activation / NF-kB is activated and signals survival / PKMTs methylate histone lysines / Activation of NF-kappaB in B cells / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation ...SUMOylation of immune response proteins / Regulated proteolysis of p75NTR / Interleukin-1 processing / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / TRAF6 mediated NF-kB activation / NF-kB is activated and signals survival / PKMTs methylate histone lysines / Activation of NF-kappaB in B cells / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / FCERI mediated NF-kB activation / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Interleukin-1 signaling / Downstream TCR signaling / prolactin signaling pathway / NF-kappaB p50/p65 complex / toll-like receptor TLR6:TLR2 signaling pathway / positive regulation of Schwann cell differentiation / CD209 (DC-SIGN) signaling / cellular response to peptidoglycan / ankyrin repeat binding / postsynapse to nucleus signaling pathway / negative regulation of protein sumoylation / defense response to tumor cell / cellular response to interleukin-6 / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / actinin binding / response to UV-B / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / interleukin-1-mediated signaling pathway / NF-kappaB complex / vascular endothelial growth factor signaling pathway / toll-like receptor 4 signaling pathway / positive regulation of amyloid-beta formation / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / response to cobalamin / phosphate ion binding / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / cellular response to lipoteichoic acid / response to muramyl dipeptide / general transcription initiation factor binding / cellular response to angiotensin / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / canonical NF-kappaB signal transduction / hair follicle development / response to amino acid / neuropeptide signaling pathway / NF-kappaB binding / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / response to cAMP / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / response to muscle stretch / antiviral innate immune response / positive regulation of interleukin-12 production / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / peptide binding / negative regulation of miRNA transcription / negative regulation of angiogenesis / liver development / response to progesterone / positive regulation of interleukin-1 beta production / response to ischemia / animal organ morphogenesis / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of interleukin-8 production / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / response to insulin / response to bacterium / protein catabolic process / defense response / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of protein catabolic process / chromatin DNA binding / positive regulation of miRNA transcription / positive regulation of interleukin-6 production / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to nicotine / cellular response to hydrogen peroxide / histone deacetylase binding / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cellular response to tumor necrosis factor / chromatin organization / cellular response to lipopolysaccharide / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / regulation of inflammatory response / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / response to ethanol / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / inflammatory response / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / response to xenobiotic stimulus / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / ubiquitin protein ligase binding
類似検索 - 分子機能
Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Transcription factor RelA (p65) / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain ...Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Transcription factor RelA (p65) / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain superfamily / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / p53-like transcription factor, DNA-binding / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / DNA / DNA (> 10) / Transcription factor p65
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Chen, Y.-Q. / Ghosh, S. / Ghosh, G.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: A novel DNA recognition mode by the NF-kappa B p65 homodimer.
著者: Chen, Y.Q. / Ghosh, S. / Ghosh, G.
履歴
登録1997年11月22日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01998年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*CP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*CP*CP*G)-3')
A: PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR NF-KB P65)
B: PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR NF-KB P65)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5996
ポリマ－74,2904
非ポリマー3092
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.690, 81.080, 167.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*CP*CP*G)-3')


分子量: 6134.966 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR NF-KB P65) / RELA / NUCLEAR FACTOR KAPPA-B CHAIN P65 / AVIAN RETICULOENDOTHELIOSIS VIRAL (V-REL) ONCOGENE HOMOLOG A


分子量: 31010.080 Da / 分子数: 2 / Fragment: P65 SUBUNIT, RESIDUES 19 - 291 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04207
#3: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.73 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: crystallized from PEG 3350, CACL2, BETA-OCTYL GLUCOPYRANOSIDE, HEPES and GLYCEROL, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.00K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PRECIPITATING SOLUTION11
2PEG 335012
3CACL212
4DTT12
5BETA-OCTYL GLUCOPYRANOSIDE12
6HEPES12
7PRECIPITATING SOLUTION13
8GLYCEROL13
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
17.5 mg/mlDNA complex1drop
24 %PEG33501drop
350 mM1dropCaCl2
45 mMdithiothreitol1drop
50.05 %beta-octyl glucopyranoside1drop
625 mM1drop
78 %PEG33501reservoir
8100 mM1reservoirCaCl2
910 mMdithiothreitol1reservoir
100.1 %beta-octyl glucopyranoside1reservoir
1150 mMHEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 24346 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 2.94 % / Biso Wilson estimate: 56.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036
反射
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 30 Å / % possible obs: 97 % / Num. measured all: 71540

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.843精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.7→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.324 1259 6 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs-20845 91.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 46.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.35 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.55 Å0.52 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4356 814 16 16 5202
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.78
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.481
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it5.581.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it5.341.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it7.882
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.424 156 6 %
Rwork0.395 2440 -
obs--68.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PARAM11.WATTOPH11.WAT
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 6 % / Rfactor obs: 0.222
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.78
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.395

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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