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Yorodumi- PDB-5ujy: The structure of Mycobacterium tuberculosis topoisomerase I from ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ujy | |||||||||
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Title | The structure of Mycobacterium tuberculosis topoisomerase I from the 2nd crystal form | |||||||||
Components | DNA topoisomerase 1 | |||||||||
Keywords | ISOMERASE / DNA Topoisomerase I | |||||||||
Function / homology | Function and homology information negative regulation of ribonuclease activity / DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / DNA topological change / peptidoglycan-based cell wall / magnesium ion binding / DNA binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.7 Å | |||||||||
Authors | Cao, N. / Tan, K. / Tse-Dinh, Y.C. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2018 Title: Investigating mycobacterial topoisomerase I mechanism from the analysis of metal and DNA substrate interactions at the active site. Authors: Cao, N. / Tan, K. / Annamalai, T. / Joachimiak, A. / Tse-Dinh, Y.C. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ujy.cif.gz | 541.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ujy.ent.gz | 448.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ujy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5ujy_validation.pdf.gz | 432.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5ujy_full_validation.pdf.gz | 439.8 KB | Display | |
Data in XML | 5ujy_validation.xml.gz | 45.1 KB | Display | |
Data in CIF | 5ujy_validation.cif.gz | 61.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/5ujy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/5ujy | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5uj1C 6cq2C 6cqiC 5d5hS 5ukt S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 77843.500 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (bacteria) Gene: topA_1, topA, BN1213_00605, BN1303_02614, ERS013471_01645, ERS027644_01463, ERS124361_02532, RN05_3882 Plasmid: PET-HIS6-MOCR TEV-LIC / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): T7 EXPRESS CRYSTAL References: UniProt: A0A0E8VY41, UniProt: P9WG49*PLUS, DNA topoisomerase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.77 Å3/Da / Density % sol: 55.52 % |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.1 M HEPES:NaCl, 16 % (w/v) PEG 8000, 8 % (v/v) Ethylene glycol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97932 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 8, 2016 / Details: mirror |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97932 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→42.258 Å / Num. obs: 45105 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 50.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rpim(I) all: 0.062 / Χ2: 1.686 / Net I/σ(I): 14.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.75→2.8 Å / Redundancy: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.843 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2195 / CC1/2: 0.524 / Rpim(I) all: 0.391 / Χ2: 0.535 / % possible all: 95.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5D5H Resolution: 2.7→42.258 Å / SU ML: 0.39 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 25.73
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→42.258 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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