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- PDB-1r48: Solution structure of the C-terminal cytoplasmic domain residues ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r48
タイトルSolution structure of the C-terminal cytoplasmic domain residues 468-497 of Escherichia coli protein ProP
要素Proline/betaine transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / OSMOSENSOR / CYTOPLASMIC / COILED-COIL / ANTIPARALLEL / TWO-STRANDED HOMODIMER
機能・相同性
機能・相同性情報


proline:proton symporter activity / proline import across plasma membrane / glycine betaine transport / osmosensory signaling pathway / cellular hyperosmotic response / cellular hyperosmotic salinity response / amino acid transport / membrane => GO:0016020 / protein homodimerization activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
MFS transporter, metabolite:H symporter / Osmosensory transporter coiled coil / Proline/betaine transporter ProP, C-terminal / : / Osmosensory transporter coiled coil / Sugar transport proteins signature 1. / Sugar transporter, conserved site / Major facilitator, sugar transporter-like / Sugar (and other) transporter / Major facilitator superfamily domain ...MFS transporter, metabolite:H symporter / Osmosensory transporter coiled coil / Proline/betaine transporter ProP, C-terminal / : / Osmosensory transporter coiled coil / Sugar transport proteins signature 1. / Sugar transporter, conserved site / Major facilitator, sugar transporter-like / Sugar (and other) transporter / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Proline/betaine transporter / Proline/betaine transporter
類似検索 - 構成要素
手法溶液NMR / simulated annealing
Model type detailsminimized average
データ登録者Zoetewey, D.L. / Tripet, B.P. / Kutateladze, T.G. / Overduin, M.J. / Wood, J.M. / Hodges, R.S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Solution Structure of the C-terminal Antiparallel Coiled-coil Domain from Escherichia coli Osmosensor ProP.
著者: Zoetewey, D.L. / Tripet, B.P. / Kutateladze, T.G. / Overduin, M.J. / Wood, J.M. / Hodges, R.S.
履歴
登録2003年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proline/betaine transporter
B: Proline/betaine transporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6402
ポリマ－7,6402
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)51 / 63structures with favorable non-bond energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Proline/betaine transporter / Proline porter II / PPII


分子量: 3820.233 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN (residue 468-497) / 由来タイプ: 合成
詳細: Synthetic peptide including a CGG N-terminal linker blocked with iodoacetamide, N-terminally acetylated, C-terminally amidated. This sequence is naturally present in Escherichia coli.
参照: UniProt: P30848, UniProt: P0C0L7*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
2112D NOESY
2212D TOCSY
231DQF-COSY

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試料調製

詳細内容: 2 mM Unlabled peptide ProP 468-497, 50 mM potassium phosphate, 100 mM KCl, 90% H2O, 10% D2O, 1 mM NaN3
溶媒系: 90% H20, 10% D2O
試料状態イオン強度: 150 mM / pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 293 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Delano, Gros, Grosse-Kunstleve, Jiang, Kuszewski, Nilges, Pannu, Read, Rice, Simonson, Warren構造決定
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Delano, Gros, Grosse-Kunstleve, Jiang, Kuszewski, Nilges, Pannu, Read, Rice, Simonson, Warren精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on 676 total restraints, 632 NOE-derived distance constraints and 44 Hydrogen-bond distance restraints.
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with favorable non-bond energy
計算したコンフォーマーの数: 63 / 登録したコンフォーマーの数: 51

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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