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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4c1a | ||||||
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タイトル | Coiled coil domain of the ZfL2-1 ORF1 protein from the zebrafish ZfL2- 1 retrotransposon | ||||||
要素 | ORF1-ENCODED PROTEIN | ||||||
キーワード | HYDROLASE / RETROTRANSPOSITION / RNA-BINDING / MEMBRANE-BINDING / LIPID-BINDING / SELF-ASSOCIATION | ||||||
機能・相同性 | SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / ORF1-encoded protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | DANIO RERIO (ゼブラフィッシュ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Schneider, A.M. / Weichenrieder, O. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013 タイトル: Structure and Properties of the Esterase from Non-Ltr Retrotransposons Suggest a Role for Lipids in Retrotransposition. 著者: Schneider, A.M. / Schmidt, S. / Jonas, S. / Vollmer, B. / Khazina, E. / Weichenrieder, O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4c1a.cif.gz | 94.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4c1a.ent.gz | 77 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4c1a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4c1a_validation.pdf.gz | 457.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4c1a_full_validation.pdf.gz | 458.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4c1a_validation.xml.gz | 9.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4c1a_validation.cif.gz | 12.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/4c1a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/4c1a | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4135.833 Da / 分子数: 4 / 断片: COILED COIL DOMAIN, RESIDUES 15-47 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) DANIO RERIO (ゼブラフィッシュ) 解説: SYNTHETIC CODON-OPTIMIZED DNA SEQUENCE / プラスミド: PETM60 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: Q3LG57 #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE THREE N-TERMINAL RESIDUES REMAIN FROM THE EXPRESSION TAG. THE SAMPLE WAS PROTEOLYZED PRIOR TO ...THE THREE N-TERMINAL RESIDUES REMAIN FROM THE EXPRESSION | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: 200MM NA-THIOCYANATE, 20% PEG 3350, PH=7.5. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97138 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月25日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97138 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→37 Å / Num. obs: 17462 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 17.5 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 10.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.59 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.47 / % possible all: 93.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1A92 解像度: 1.55→36.583 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 26.14 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS WERE REFINED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→36.583 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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