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- PDB-198d: A TRIGONAL FORM OF THE IDARUBICIN-D(CGATCG) COMPLEX: CRYSTAL AND ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 198d
タイトルA TRIGONAL FORM OF THE IDARUBICIN-D(CGATCG) COMPLEX: CRYSTAL AND MOLECULAR STRUCTURE AT 2.0 ANGSTROMS RESOLUTION
要素DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*G)-3')
キーワードDNA / RIGHT HANDED DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG
機能・相同性IDARUBICIN / SPERMINE / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Dautant, A. / Langlois D'Estaintot, B. / Gallois, B. / Brown, T. / Hunter, W.N.
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1995
タイトル: A trigonal form of the idarubicin:d(CGATCG) complex; crystal and molecular structure at 2.0 A resolution.
著者: Dautant, A. / Langlois d'Estaintot, B. / Gallois, B. / Brown, T. / Hunter, W.N.
#1: ジャーナル: Anti-Cancer Drug Des. / 年: 1991
タイトル: Influence of Aglycone Modifications on the Binding of Anthracycline Drugs to DNA: The Molecular Structure of Idarubicin and 4-O-Demethyl-11-Deoxydoxorubicin Complexed to d(CGATCG)
著者: Gao, Y.-G. / Wang, A.H.-J.
履歴
登録1994年11月28日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01995年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4299
ポリマ－7,2374
非ポリマー2,1925
水2,882160
1
A: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,8165
ポリマ－3,6182
非ポリマー1,1973
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,6134
ポリマ－3,6182
非ポリマー9952
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.996, 52.996, 33.065
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*G)-3')


分子量: 1809.217 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物
ChemComp-DM5 / IDARUBICIN / 4-DEMETHOXY-DAUNORUBICIN / イダルビシン


分子量: 497.494 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H27NO9
#3: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.00K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2MPD11
3MGCL211
4NA CACODYLATE11
5SPERMINE_HCL11
6WATER12
7MPD12
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / pH: 6.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
12.4 mMoligonucleotide1dropsingle strand concentration
22 mMidarubicin1drop
3136 mM1dropMgCl2
427 mMsodium cacodylate1drop
54 mMspermine tetrachloride1drop
69 %(v/v)MPD1drop
750 %1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200
検出器タイプ: RIGAKU AFC-5 / 検出器: DIFFRACTOMETER
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射最高解像度: 2 Å / Num. all: 7276 / Observed criterion σ(F): 2
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. obs: 3768 / Observed criterion σ(F): 2 / Rmerge(I) obs: 0.061

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解析

ソフトウェア名称: NUCLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.97→18 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
obs0.188 3768
Refine Biso
クラスRefine-ID詳細Treatment
ALL ATOMSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
ALL WATERSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 480 158 160 798
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONn_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONn_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONn_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONn_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONn_sugar_bond_it
X-RAY DIFFRACTIONn_sugar_angle_it
X-RAY DIFFRACTIONn_phos_bond_it
X-RAY DIFFRACTIONn_phos_angle_it
X-RAY DIFFRACTIONn_bond_angle_restr
X-RAY DIFFRACTIONn_dihedral_angle_restr
X-RAY DIFFRACTIONn_impr_tor
X-RAY DIFFRACTIONn_sugar_bond_d0.0250.025
X-RAY DIFFRACTIONn_sugar_bond_angle_d0.040.04
X-RAY DIFFRACTIONn_phos_bond_d0.0680.035
X-RAY DIFFRACTIONn_phos_bond_angle_d0.0370.045
X-RAY DIFFRACTIONn_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONn_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONn_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONn_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONn_xhyhbond_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.19 / Rfactor Rwork: 0.19
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.068
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d0.037
X-RAY DIFFRACTIONx_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONx_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONx_chiral_restr

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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