PDB-1r2s: CRYSTAL STRUCTURE OF RABBIT MUSCLE TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1r2s

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF RABBIT MUSCLE TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE

要素

Triosephosphate isomerase

キーワード

ISOMERASE / TIM / Closed loop conformation in the ligand-free state / Conformational heterogeneity / Tim-barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

methylglyoxal biosynthetic process / methylglyoxal synthase / methylglyoxal synthase activity / triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / canonical glycolysis / gluconeogenesis / ubiquitin protein ligase binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Aparicio, R. / Ferreira, S.T. / Polikarpov, I.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Closed conformation of the active site loop of rabbit muscle triosephosphate isomerase in the absence of substrate: evidence of conformational heterogeneity.
著者: Aparicio, R. / Ferreira, S.T. / Polikarpov, I.

履歴

登録	2003年9月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1r2s.cif.gz	191.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1r2s.ent.gz	155.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1r2s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1r2s_validation.pdf.gz	452.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1r2s_full_validation.pdf.gz	461.1 KB	表示
XML形式データ	1r2s_validation.xml.gz	35 KB	表示
CIF形式データ	1r2s_validation.cif.gz	48.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/1r2s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/1r2s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1r2rC 1r2tC 1htiS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4unl-d 1r2t-d 6nlh-4 1tim-d 1sq7-d 6nlh-1 1wyi-d 6nxw-1 6c2g-1 3pwa-d 2vom-2 2vfh-d 4y96-1 1su5-d 6nxx-d 5i3g-1 1nf0-d 1tpu-d 4gnj-1 8tim-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Triosephosphate isomerase

B: Triosephosphate isomerase

C: Triosephosphate isomerase

D: Triosephosphate isomerase

107 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Triosephosphate isomerase

B: Triosephosphate isomerase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Triosephosphate isomerase

D: Triosephosphate isomerase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.229, 80.289, 174.283
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	A
6	1	B
7	1	C
8	1	D
1	2	A
2	2	C

NCSドメイン領域:

Refine code: 2

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ARG	ARG	GLU	GLU	A	A	4 - 140	4 - 140
2	1	1	ARG	ARG	GLU	GLU	B	B	4 - 140	4 - 140
3	1	1	ARG	ARG	GLU	GLU	C	C	4 - 140	4 - 140
4	1	1	ARG	ARG	GLU	GLU	D	D	4 - 140	4 - 140
5	2	1	ILE	ILE	ALA	ALA	A	A	150 - 246	150 - 246
6	2	1	ILE	ILE	ALA	ALA	B	B	150 - 246	150 - 246
7	2	1	ILE	ILE	ALA	ALA	C	C	150 - 246	150 - 246
8	2	1	ILE	ILE	ALA	ALA	D	D	150 - 246	150 - 246
1	1	2	LYS	LYS	VAL	VAL	A	A	141 - 149	141 - 149
2	1	2	LYS	LYS	VAL	VAL	C	C	141 - 149	141 - 149

NCSアンサンブル:

ID
1
2

詳細

The asymmetric unit contains two physiologically active dimers formed by chains {A,B} and {C,D}

#1: タンパク質	Triosephosphate isomerase / TIM 分子量: 26658.398 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: muscle / 参照: UniProt: P00939, triose-phosphate isomerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.78 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, MgCl2, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

結晶化

*PLUS

手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式	詳細
1	24 %(w/v)	PEG4000	1	reservoir
2	0.2 M		1	reservoir	MgCl2
3	0.1 M	Tris-HCl	1	reservoir		pH8.5
4	1.1 M	DMSO	1	reservoir
5	10 mg/ml	protein	1	drop

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.37 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年9月22日 / 詳細: Mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.37 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.85→13.5 Å / Num. all: 20988 / Num. obs: 20064 / % possible obs: 80.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.93 % / R_merge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 6.11
反射シェル	解像度: 2.85→2.92 Å / 冗長度: 1.31 % / R_merge(I) obs: 0.176 / Mean I/σ(I) obs: 2.55 / Num. unique all: 1617 / % possible all: 58.3
反射	PLUS 最低解像度*: 14 Å
反射シェル	PLUS R_merge(I) obs: 0.264 / Mean I/σ(I) obs*: 1.99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.19	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HTI

1hti

解像度: 2.85→13.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 16.779 / SU ML: 0.311 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.417 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21194	1026	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17196	-	-	-
all	0.17399	-	-	-
obs	0.17399	18929	81.63 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.051 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.37 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.69 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.85→13.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7469	0	0	135	7604

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	7622
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.358	1.945	10322
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.514	5	983
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	1175
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5680
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	2748
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	174
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.555	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.705	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.554	1.5	4882
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.091	2	7842
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.488	3	2740
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.723	4.5	2480

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1747	tight positional	0.05	0.05
1	2	B	1747	tight positional	0.05	0.05
1	3	C	1747	tight positional	0.06	0.05
1	4	D	1747	tight positional	0.06	0.05
2	1	A	75	tight positional	0.05	0.05
1	1	A	1747	tight thermal	0.07	0.5
1	2	B	1747	tight thermal	0.08	0.5
1	3	C	1747	tight thermal	0.1	0.5
1	4	D	1747	tight thermal	0.1	0.5
2	1	A	75	tight thermal	0.09	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.85→2.921 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.282	59
R_work	0.231	948

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0264	0.4088	-0.0569	4.2321	1.0089	2.6662	0.16	-0.3263	-0.6845	0.9299	-0.2199	0.089	0.4975	-0.0129	0.0599	0.522	-0.0409	0.0314	0.3984	0.1729	0.4448	14.7186	5.9019	32.7339
2	2.3345	0.9302	-0.3679	3.2612	-0.1585	3.2635	0.2332	-0.5147	0.3151	0.838	-0.2283	0.2444	-0.5133	0.1471	-0.0049	0.4504	-0.1135	0.0964	0.3889	-0.114	0.2541	20.003	40.485	32.1133
3	2.181	0.6073	0.6013	2.6647	0.4166	1.3918	-0.1608	0.1577	0.5258	-0.1016	0.0094	0.1811	-0.1589	-0.0178	0.1514	0.068	-0.0067	-0.0309	0.1145	0.0561	0.2027	18.8027	63.3435	-7.0579
4	1.9834	0.0797	0.2843	2.4596	-0.6644	1.788	0.0264	0.1417	-0.289	-0.286	0.0077	0.0455	0.2664	0.0496	-0.0341	0.048	0.0167	-0.0108	0.091	-0.0779	0.0672	17.2024	28.464	-5.4748

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 248	2 - 248
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	3 - 248	3 - 248
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	2 - 248	2 - 248
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	2 - 248	2 - 248

精密化

*PLUS

最低解像度: 14 Å / % reflection R_free: 5 % / R_factor obs: 0.174 / R_factor R_free: 0.2119 / R_factor R_work: 0.172

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.012
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.358

LS精密化シェル

*PLUS

最高解像度: 2.85 Å / 最低解像度: 2.92 Å

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