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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qtx | ||||||
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タイトル | THE 1.65 ANGSTROM STRUCTURE OF CALMODULIN RS20 PEPTIDE COMPLEX | ||||||
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![]() | SIGNALING PROTEIN / CALMODULIN / CALCIUM BINDING / HELIX-LOOP-HELIX / SIGNALING / COMPLEX (CALCIUM- BINDING PROTEIN-PEPTIDE) | ||||||
機能・相同性 | ![]() tonic smooth muscle contraction / myosin-light-chain kinase / myosin light chain kinase activity / muscle structure development / cleavage furrow / stress fiber / lamellipodium / calmodulin binding / phosphorylation / calcium ion binding ...tonic smooth muscle contraction / myosin-light-chain kinase / myosin light chain kinase activity / muscle structure development / cleavage furrow / stress fiber / lamellipodium / calmodulin binding / phosphorylation / calcium ion binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Weigand, S. / Anderson, W.F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: High Resolution Structure of a Calmodulin Rs20 Peptide Complex 著者: Weigand, S. / Shuvalova, L. / Lukas, T.J. / Mirzoeva, S. / Watterson, D.M. / Anderson, W.F. #1: ![]() タイトル: Analysis of the Functional Coupling between Calmodulin S Calcium Binding and Peptide Recognition Properties 著者: Mirzoeva, S. / Weigand, S. / Lukas, T.J. / Shuvalova, L. / Anderson, W.F. / Watterson, D.M. #2: ![]() タイトル: Target Enzyme Recognition by Calmodulin: 2.4 A Structure of a Calmodulin- Peptide Complex 著者: Meador, W.E. / Means, A.R. / Quiocho, F.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 60.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 43 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 436.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 438.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16642.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2299.686 Da / 分子数: 1 Fragment: CALMODULIN BINDING REGION FROM SMOOTH MUSCLE/NONMUSCLE MYOSIN LIGHT CHAIN KINASE 由来タイプ: 合成 詳細: PEPTIDE ANALOG OF THE CALMODULIN RECOGNITION REGION OF CHICKEN SMOOTH MUSCLE/ NONMUSCLE MYOSIN LIGHT CHAIN KINASE 参照: UniProt: P11799 | ||
#3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.8 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 20% (W/V) PEG 8000, 100 MM SODIUM ACETATE 5 MM CALCIUM CHLORIDE 0.01% (W/V) SODIUM AZIDE PH = 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 | 由来: ![]() | ||||||||||||||||||||
検出器 |
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放射 | モノクロメーター: FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.53→30 Å / Num. all: 166836 / Num. obs: 19966 / % possible obs: 79.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 19.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 19.6 | ||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.221 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / % possible all: 59.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1VRM CHAIN A AND CHAIN B 解像度: 1.65→29.595 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1176942.78 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 立体化学のターゲット値: ENGH, R.A. AND HUBER, R. (1991). ACTA CRYST. A47, 392-400.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 22.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→29.595 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.65→1.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 16
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Xplor file |
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