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- PDB-1qpb: PYRUVATE DECARBOYXLASE FROM YEAST (FORM B) COMPLEXED WITH PYRUVAMIDE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qpb
タイトルPYRUVATE DECARBOYXLASE FROM YEAST (FORM B) COMPLEXED WITH PYRUVAMIDE
要素PYRUVATE DECARBOXYLASE (FORM B)
キーワードLYASE / THIAMINE PYRUVATE / PYRUVAMIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylpyruvate decarboxylase / branched-chain-2-oxoacid decarboxylase / phenylpyruvate decarboxylase activity / branched-chain-2-oxoacid decarboxylase activity / indolepyruvate decarboxylase / glycolytic fermentation to ethanol / indolepyruvate decarboxylase activity / aromatic amino acid family catabolic process to alcohol via Ehrlich pathway / pyruvate decarboxylase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離 ...phenylpyruvate decarboxylase / branched-chain-2-oxoacid decarboxylase / phenylpyruvate decarboxylase activity / branched-chain-2-oxoacid decarboxylase activity / indolepyruvate decarboxylase / glycolytic fermentation to ethanol / indolepyruvate decarboxylase activity / aromatic amino acid family catabolic process to alcohol via Ehrlich pathway / pyruvate decarboxylase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離 / branched-chain amino acid catabolic process / tryptophan catabolic process / L-phenylalanine catabolic process / pyruvate metabolic process / thiamine pyrophosphate binding / magnesium ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Thiamine pyrophosphate (TPP)-dependent enzyme / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding ...: / : / Thiamine pyrophosphate (TPP)-dependent enzyme / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRUVAMIDE / THIAMINE DIPHOSPHATE / Pyruvate decarboxylase isozyme 1
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES PASTORIANUS (酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Lu, G. / Dobritzsch, D. / Schneider, G.
引用
ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2000
タイトル: The Structural Basis of Substrate Activation in Yeast Pyruvate Decarboxylase a Crystallographic and Kinetic Study
著者: Lu, G. / Dobritzsch, D. / Baumann, S. / Schneider, G. / Konig, S.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1997
タイトル: Novel Tetramer Assembly of Pyruvate Decarboxylase from Brewer'S Yeast Observed in a New Crystal Form
著者: Lu, G. / Dobritzsch, D. / Konig, S. / Schneider, G.
履歴
登録1999年11月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2000年2月4日ID: 1YPD
改定 1.02000年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: DSSP
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PYRUVATE DECARBOXYLASE (FORM B)
B: PYRUVATE DECARBOXYLASE (FORM B)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,1848
ポリマ－123,1102
非ポリマー1,0736
水2,540141
1
A: PYRUVATE DECARBOXYLASE (FORM B)
B: PYRUVATE DECARBOXYLASE (FORM B)
ヘテロ分子

A: PYRUVATE DECARBOXYLASE (FORM B)
B: PYRUVATE DECARBOXYLASE (FORM B)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,36716
ポリマ－246,2204
非ポリマー2,14712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area19930 Å2
ΔGint-100.8 kcal/mol
Surface area91090 Å2
手法PQS
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8980 Å2
ΔGint-59.81 kcal/mol
Surface area38010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.049, 119.700, 81.283
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.21, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 PYRUVATE DECARBOXYLASE (FORM B) / ALPHA-CARBOXYLASE / PYRUVIC DECARBOXYLASE / ALPHA-KETOACID CARBOXYLASE


分子量: 61555.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: FORM B / 由来: (天然) SACCHAROMYCES PASTORIANUS (酵母) / 株: WEIHENSTEPHAN 34/70 (2124, BOHEMIAN LAGER) / 参照: UniProt: P06169, pyruvate decarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / 3-[(4-アミノ-2-メチル-5-ピリミジニル)メチル]-4-メチル-5-[2-(ホスホノオキシホスフィナトオキシ)(以下略)


分子量: 425.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-PYM / PYRUVAMIDE / ピルビンアミド


分子量: 87.077 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5NO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化pH: 5.8
詳細: 8-14% PEG6000 20MM SODIUM CITRATE AT PH 5.7 1MM DTE, 5MM THDP, 5MM MGSO4
結晶化
*PLUS
pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mlprotein1drop
220 mMsodium citrate1drop
31 mMDTE1drop
45 mMThDP1drop
55 mM1dropMgSO4
6320 mMpyruvamide1drop
720 mMsodium citrate1reservoir
81 mMDTE1reservoir
95 mMThDP1reservoir
105 mM1reservoirMgSO4
1113-14 %PEG60001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年3月2日
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→15 Å / Num. obs: 42140 / % possible obs: 88.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 33.0519 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Rsym value: 0.38 / % possible all: 60
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 56 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS3.8精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PVD

1pvd


解像度: 2.4→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT CORRECTION WAS APPLIED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.287 1724 4 %RANDOM
Rwork0.233 ---
obs0.233 42411 89 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.0519 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8550 0 66 141 8757
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.23
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.13
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINED
LS精密化 シェル解像度: 2.38→2.42 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 25 0.46 %
Rwork0.363 540 -
obs--34.5 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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