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- PDB-1qow: Mersacidin from Bacillus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qow
タイトルMersacidin from Bacillus
要素MERSACIDIN
キーワードANTIBIOTIC / LANTIBIOTIC / METHICILLIN RESISTANCE / THIOESTER / TYPE B LANTIBIOTIC / LANTHIONINE
機能・相同性Type 2 lantibiotic, leader peptide domain / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / signaling receptor binding / Mersacidin / METHANOL / Lantibiotic mersacidin
機能・相同性情報
生物種BACILLUS SP. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / HALF-BAKED / 解像度: 1.06 Å
データ登録者Schneider, T.R. / Kaercher, J. / Sheldrick, G.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Ab initio structure determination of the lantibiotic mersacidin.
著者: Schneider, T.R. / Karcher, J. / Pohl, E. / Lubini, P. / Sheldrick, G.M.
履歴
登録1999年11月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22011年7月27日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description
改定 1.32012年11月30日Group: Other
改定 1.42019年4月17日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp ..._exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52019年5月22日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 1.62019年7月24日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: diffrn_source / exptl_crystal_grow
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _exptl_crystal_grow.method
改定 1.72019年10月9日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_status
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 2.02024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MERSACIDIN
B: MERSACIDIN
C: MERSACIDIN
D: MERSACIDIN
E: MERSACIDIN
F: MERSACIDIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,29415
ポリマ－11,0066
非ポリマー2889
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6730 Å2
ΔGint-70.4 kcal/mol
Surface area6040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.090, 46.090, 31.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
MERSACIDIN


タイプ: Oligopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1834.256 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
詳細: MERSACIDIN IS A TETRACYCLIC PEPTIDE. POST TRANSLATIONAL MATURATION OF LANTIBIOTICS INVOLVES THE ENZYMIC CONVERSION OF THR, AND SER INTO DEHYDRATED AA AND THE FORMATION OF THIOETHER BONDS WITH ...詳細: MERSACIDIN IS A TETRACYCLIC PEPTIDE. POST TRANSLATIONAL MATURATION OF LANTIBIOTICS INVOLVES THE ENZYMIC CONVERSION OF THR, AND SER INTO DEHYDRATED AA AND THE FORMATION OF THIOETHER BONDS WITH CYSTEINE. THE CARBOXY-TERMINAL BETA-METHYLLANTHIONINE UNDERGOES DECARBOXYLATION. THIOETHER BONDS WITH CYSTEINE RESULT IN FOUR RINGS. THIS IS FOLLOWED BY MEMBRANE TRANSLOCATION AND CLEAVAGE OF THE MODIFIED PRECURSOR.
由来: (天然) BACILLUS SP. (バクテリア) / 株: HIL Y-85, 54728 / 参照: UniProt: P43683, Mersacidin
#2: 化合物
ChemComp-MOH / METHANOL / ヒドロキシメチリジンラジカル


分子量: 32.042 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細MERSACIDIN IS A GLOBULAR TYPE B LANTIBIOTIC. THE LANTIBIOTICS ARE CHARACTERIZED BY LANTHIONINE ...MERSACIDIN IS A GLOBULAR TYPE B LANTIBIOTIC. THE LANTIBIOTICS ARE CHARACTERIZED BY LANTHIONINE AND/OR METHYLLANTHIONINE NONPROTEINOGENIC AMINO ACIDS. HERE, MERSACIDIN IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES) GROUP: 1 NAME: MERSACIDIN CHAIN: A, B, C, D, E, F COMPONENT_1: PEPTIDE LIKE SEQUENCE RESIDUES 1 TO 20 DESCRIPTION: MERSACIDIN IS A TETRACYCLIC PEPTIDE. THIOETHER BONDS WITH CYSTEINE RESULT IN FOUR RINGS. CROSSLINK 1-4 BETA-METHYLLANTHIONINE (CYS-DBB) CROSSLINK 4-12 BETA-METHYLLANTHIONINE (DBB-CYS) CROSSLINK 13-18 BETA-METHYLLANTHIONINE (DBB-CYS) CROSSLINK 15-20 S-(2-AMINOVINYL)-3-METHYL-D- CYSTEINE (DBB-TEE)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.84 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7
詳細: LYOPHILIZED MERSACIDIN WAS DISSOLVED TO SATURATION IN METHANOL. CRYSTALS GREW AT ROOM TEMPERATURE BY SLOW EVAPORATION OF METHANOL FROM A 1:1 MIXTURE OF THE SATURATED SOLUTION WITH BENZENE AND ...詳細: LYOPHILIZED MERSACIDIN WAS DISSOLVED TO SATURATION IN METHANOL. CRYSTALS GREW AT ROOM TEMPERATURE BY SLOW EVAPORATION OF METHANOL FROM A 1:1 MIXTURE OF THE SATURATED SOLUTION WITH BENZENE AND REACHED A MAXIMUM SIZE OF 0.3 X 0.3 X 0.3 MM IN 10 DAYS., pH 7.00
結晶化
*PLUS
手法: slow evaporation
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
150 %satmethanol11
250 %satbenzene11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.865
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.865 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.06→39.9 Å / Num. obs: 33469 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 1.06→1.08 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.364 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.6
反射
*PLUS
Num. all: 33485 / Num. measured all: 164063
反射 シェル
*PLUS
Mean I/σ(I) obs: 3.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXL-97位相決定
精密化構造決定の手法: HALF-BAKED / 解像度: 1.06→40 Å / Num. parameters: 7438 / Num. restraintsaints: 10782 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
StereochEM target val spec case: SIMILARITY RESTRAINTS FOR NON-STANDARD RESIDUES AS IMPLEMENTED IN SHELXL97
立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: MEROHEDRAL TWINNING: THE CRYSTAL WAS MEROHEDRALLY TWINNED. THE EFFECT OF MEROHEDRAL WAS TAKEN INTO ACCOUNT EMPLOYING THE METHOD OF PRATT ET AL., J.CHEM.SOC.(A)(1971)2146-2151 AND JAMESON ET ...詳細: MEROHEDRAL TWINNING: THE CRYSTAL WAS MEROHEDRALLY TWINNED. THE EFFECT OF MEROHEDRAL WAS TAKEN INTO ACCOUNT EMPLOYING THE METHOD OF PRATT ET AL., J.CHEM.SOC.(A)(1971)2146-2151 AND JAMESON ET AL., ACTA CRYST.B54 (1982)443-449 AS IMPLEMENTED IN SHELXL-97 USING THE TWIN MATRIX: (0 1 0 1 0 0 0 0 -1). THE SIX MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT ARE ARRANGED WITH APPROXIMATE 32 (D3) POINT GROUP SYMMETRY AND CAN BE DESCRIBED AS A DIMER OF TRIMERS. THE TWO FOLD AXIS RUNS ALONG THE SHORT DIAGONAL OF THE A*B* PLANE.
Rfactor反射数%反射Selection details
all0.1414 33449 --
obs0.1414 -99.9 %-
Rfree---RANDOM
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-2
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 719 / Occupancy sum non hydrogen: 826
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.06→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数750 0 18 57 825
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.034
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.017
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.027
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.069
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.061
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.016
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.052
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.068
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 4 / Rfactor obs: 0.134 / Rfactor Rwork: 0.1414
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: s_plane_restr / Dev ideal: 0.027

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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