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- PDB-1qmr: BIRCH POLLEN ALLERGEN BET V 1 MUTANT N28T, K32Q, E45S, P108G -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qmr
タイトルBIRCH POLLEN ALLERGEN BET V 1 MUTANT N28T, K32Q, E45S, P108G
要素MAJOR POLLEN ALLERGEN BET V 1-A
キーワードALLERGEN / PATHOGENESIS-RELATED PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pathogenesis-related protein Bet v I family / Pathogenesis-related proteins Bet v I family signature. / Bet v I type allergen / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / : / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Major pollen allergen Bet v 1-A
類似検索 - 構成要素
生物種BETULA VERRUCOSA (シダレカンバ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Henriksen, A. / Holm, J.O. / Spangfort, M.D. / Gajhede, M.
引用
ジャーナル: J Immunol. / 年: 2004
タイトル: Allergy vaccine engineering: epitope modulation of recombinant Bet v 1 reduces IgE binding but retains protein folding pattern for induction of protective blocking-antibody responses.
著者: Holm, J. / Gajhede, M. / Ferreras, M. / Henriksen, A. / Ipsen, H. / Larsen, J.N. / Lund, L. / Jacobi, H. / Millner, A. / Wurtzen, P.A. / Spangfort, M.D.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: X-Ray and NMR Structure of Bet V 1, the Origin of Birch Pollen Allergy
著者: Gajhede, M. / Osmark, P. / Poulsen, F.M. / Ipsen, H. / Larsen, J.N. / Van Neerven, R.J.J. / Schou, C. / Lowenstein, H. / Spangfort, M.D.
履歴
登録1999年10月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42019年10月9日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_status
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAJOR POLLEN ALLERGEN BET V 1-A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3311
ポリマ－17,3311
非ポリマー00
水82946
1
A: MAJOR POLLEN ALLERGEN BET V 1-A

A: MAJOR POLLEN ALLERGEN BET V 1-A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6632
ポリマ－34,6632
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)32.347, 74.196, 119.548
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 MAJOR POLLEN ALLERGEN BET V 1-A / BET V 1


分子量: 17331.428 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BETULA VERRUCOSA (シダレカンバ)
Cell: POLLEN / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: BET V 1 1.2801 / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 参照: UniProt: P15494
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CHAIN A ENGINEERED MUTATION ASN28THR, LYS32GLN, GLU45SER, PRO108GLY
配列の詳細THE LEU 62 SWS P15494 PHE 62 CONFLICT IS A KNOWN VARIANT FROM THE SWISSPROT SEQUENCE TAKEN FROM ...THE LEU 62 SWS P15494 PHE 62 CONFLICT IS A KNOWN VARIANT FROM THE SWISSPROT SEQUENCE TAKEN FROM REFERENCE: BREITENEDER H.,PETTENBURGER K.,BITO A.,VALENTA R., KRAFT D.,RUMPOLD H.,SCHEINER O.,BREITENBACH M. EMBO J. 8:1935-1938(1989).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.56 %
結晶化pH: 6 / 詳細: pH 6.00
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
32.2 Mammonium sulfate1reservoir
4100 mMsodium citrate1reservoir
51 %dioxane1reservoir
60.01 %sodium azide1reservoir
1reservoir1drop
2rBet v 1 mutant1dropdialyzed against 10 mM Tris-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→37 Å / Num. obs: 7832 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 11.4 Å2 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 34
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 9.5 / Rsym value: 0.135 / % possible all: 78.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 55800 / Rmerge(I) obs: 0.04
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 78.5 % / Rmerge(I) obs: 0.165

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS0.5位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BV1

1bv1


解像度: 2.15→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 248643.49 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 407 5.2 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.196 7797 95.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.7618 Å2 / ksol: 0.330851 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.47 Å20 Å20 Å2
2---4.5 Å20 Å2
3---4.03 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1223 0 0 46 1269
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 56 5.4 %
Rwork0.203 981 -
obs--78.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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