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- PDB-1qi9: X-RAY SIRAS STRUCTURE DETERMINATION OF A VANADIUM-DEPENDENT HALOP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qi9
タイトルX-RAY SIRAS STRUCTURE DETERMINATION OF A VANADIUM-DEPENDENT HALOPEROXIDASE FROM ASCOPHYLLUM NODOSUM AT 2.0 A RESOLUTION
要素(Vanadium-dependent bromoperoxidase) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / BROMOPEROXIDASE / VANADIUM / HALOPEROXIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


bromide peroxidase / bromide peroxidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Vanadium-containing Chloroperoxidase, domain 2 / Vanadium-containing Chloroperoxidase; domain 2 / Bromoperoxidase/chloroperoxidase C-terminal / : / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
VANADATE ION / Vanadium-dependent bromoperoxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Ascophyllum nodosum (真核生物)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Weyand, M. / Hecht, H.-J. / Kiess, M. / Liaud, M.F. / Vilter, H. / Schomburg, D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: X-ray structure determination of a vanadium-dependent haloperoxidase from Ascophyllum nodosum at 2.0 A resolution.
著者: Weyand, M. / Hecht, H. / Kiess, M. / Liaud, M. / Vilter, H. / Schomburg, D.
履歴
登録1999年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 2.02019年12月25日Group: Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.02023年6月7日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Non-polymer description / Other / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / chem_comp / database_2 / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_nat / exptl_crystal_grow / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref / struct_ref_seq / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _cell.Z_PDB / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_num_residues
改定 3.12024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vanadium-dependent bromoperoxidase
B: Vanadium-dependent bromoperoxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,4274
ポリマ－121,1982
非ポリマー2302
水31,6881759
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11100 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area34600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.190, 113.190, 272.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Vanadium-dependent bromoperoxidase / V-BPO / Vanadium haloperoxidase


分子量: 60661.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ascophyllum nodosum (真核生物) / 参照: UniProt: P81701, bromide peroxidase
#2: タンパク質 Vanadium-dependent bromoperoxidase / V-BPO / Vanadium haloperoxidase


分子量: 60535.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ascophyllum nodosum (真核生物) / 参照: UniProt: P81701, bromide peroxidase
#3: 化合物 ChemComp-VO4 / VANADATE ION


分子量: 114.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: VO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1759 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 %
結晶化pH: 8 / 詳細: 2.0 M AMMONIUM SULPHATE, 50 MM TRIS/HCL, PH 8.0
結晶化
*PLUS
温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
21.9 mMTris1drop
31.9-2.1 Mammonium sulfate1reservoir
450 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 130 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS-NICOLET X100 / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年3月15日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→31.6 Å / Num. obs: 105540 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.061
反射 シェル解像度: 2.05→2.15 Å / 冗長度: 1.4 % / % possible all: 85.7
反射
*PLUS
Num. obs: 105643
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 85.7 % / Num. unique obs: 13969

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-GENデータスケーリング
CCP4SCALAデータ削減
REFMAC精密化
X-GENデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.05→31 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.149
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 5320 5 %RANDOM
Rwork0.165 ---
obs-100219 95 %-
原子変位パラメータBiso mean: 9.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8490 0 15 1759 10264
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0320.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0340.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.2862
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.7353
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.6282
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.2553
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.130.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1720.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2490.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1170.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.97
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor14.615
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor30.820
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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