+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qgl | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Room temperature structure of concanavalin A complexed to bivalent ligand | ||||||
要素 | PROTEIN (SUCCINYLATED CONCANAVALIN A ) | ||||||
キーワード | LECTIN (AGGLUTININ) / CONCANAVLIN A / SACCHARIDE BINDING / RECOGNITION COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of defense response to virus / D-mannose binding / defense response / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Canavalia ensiformis (タチナタマメ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.66 Å | ||||||
データ登録者 | Naismith, J.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1999 タイトル: On the Meaning of Affinity: Cluster Glycoside Effects and Concanavalin A 著者: Dimick, S.M. / Powell, S.C. / Mcmahon, S.A. / Moothoo, D.N. / Naismith, J.H. / Toone, E.J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qgl.cif.gz | 107.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1qgl.ent.gz | 81 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qgl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1qgl_validation.pdf.gz | 732 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1qgl_full_validation.pdf.gz | 737.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1qgl_validation.xml.gz | 19.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1qgl_validation.cif.gz | 26.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/1qgl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/1qgl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5cnaS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.68145, -0.00034, 0.73186), ベクター: |
-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 25622.385 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: COMPLEXED WITH BIVALENT LIGAND / 由来: (天然) Canavalia ensiformis (タチナタマメ) / 参照: UniProt: P81461, UniProt: P02866*PLUS #4: 糖 | ChemComp-EJT / | |
---|
-非ポリマー , 4種, 77分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-SIN / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.41 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 6 / 詳細: pH 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 65 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 293.5 K / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Moothoo, D.N., (1998) Acta Crystallogr, D54, 1023. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: NONIUS / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: NI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.66→26 Å / Num. obs: 21164 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 28.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.072 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 26 Å / Num. obs: 21182 / % possible obs: 96.4 % |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.66 Å / 最低解像度: 2.75 Å / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.207 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5CNA 解像度: 2.66→26 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high rms absF: 2919789.43 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: CNS DEFAULT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.9 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.66→26 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.66→2.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 26 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.176 / Rfactor Rfree: 0.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.257 / Rfactor obs: 0.239 |