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万見
- PDB-6xb8: Adeno-Associated Virus Origin Binding Domain in complex with ssDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xb8
タイトルAdeno-Associated Virus Origin Binding Domain in complex with ssDNA
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*TP*T)-3')
  • Protein Rep68
キーワードVIRAL PROTEIN / AAV / Protein-DNA / AAA+ / SF3 / HUH
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated arrest of host cell cycle during G2/M transition / symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / viral DNA genome replication / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / endonuclease activity / DNA helicase / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity ...symbiont-mediated arrest of host cell cycle during G2/M transition / symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / viral DNA genome replication / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / endonuclease activity / DNA helicase / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / DNA replication / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rep protein catalytic-like / Rep protein catalytic domain like / : / Parvovirus (PV) NS1 nuclease (NS1-Nuc) domain profile. / Parvovirus non-structural protein 1, helicase domain / Parvovirus non-structural protein NS1 / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Protein Rep68
類似検索 - 構成要素
生物種Adeno-associated virus 2 (アデノ随伴ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Escalante, C.R. / Musayev, F.N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM124204 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2020
タイトル: The Cryo-EM structure of AAV2 Rep68 in complex with ssDNA reveals a malleable AAA+ machine that can switch between oligomeric states.
著者: Vishaka Santosh / Faik N Musayev / Rahul Jaiswal / Francisco Zárate-Pérez / Bram Vandewinkel / Caroline Dierckx / Molly Endicott / Kamyar Sharifi / Kelly Dryden / Els Henckaerts / Carlos R Escalante /
要旨: The adeno-associated virus (AAV) non-structural Rep proteins catalyze all the DNA transactions required for virus viability including, DNA replication, transcription regulation, genome packaging, and ...The adeno-associated virus (AAV) non-structural Rep proteins catalyze all the DNA transactions required for virus viability including, DNA replication, transcription regulation, genome packaging, and during the latent phase, site-specific integration. Rep proteins contain two multifunctional domains: an Origin Binding Domain (OBD) and a SF3 helicase domain (HD). Studies have shown that Rep proteins have a dynamic oligomeric behavior where the nature of the DNA substrate molecule modulates its oligomeric state. In the presence of ssDNA, Rep68 forms a large double-octameric ring complex. To understand the mechanisms underlying AAV Rep function, we investigated the cryo-EM and X-ray structures of Rep68-ssDNA complexes. Surprisingly, Rep68 generates hybrid ring structures where the OBD forms octameric rings while the HD forms heptamers. Moreover, the binding to ATPγS promotes a large conformational change in the entire AAA+ domain that leads the HD to form both heptamer and hexamers. The HD oligomerization is driven by an interdomain linker region that acts as a latch to 'catch' the neighboring HD subunit and is flexible enough to permit the formation of different stoichiometric ring structures. Overall, our studies show the structural basis of AAV Rep's structural flexibility required to fulfill its multifunctional role during the AAV life cycle.
履歴
登録2020年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein Rep68
B: Protein Rep68
C: Protein Rep68
D: Protein Rep68
E: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*TP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,42910
ポリマ－99,1676
非ポリマー2624
水00
1
A: Protein Rep68
D: Protein Rep68
E: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7145
ポリマ－49,5843
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein Rep68
C: Protein Rep68
F: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7145
ポリマ－49,5843
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)170.180, 173.220, 173.450
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22

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要素

#1: タンパク質
Protein Rep68


分子量: 23904.166 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Adeno-associated virus 2 (isolate Srivastava/1982) (アデノ随伴ウイルス)
株: isolate Srivastava/1982 / 遺伝子: Rep68 / プラスミド: PET-15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P03132, DNA helicase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*TP*T)-3')


分子量: 1775.190 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.91 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10mM Na cacodylate, pH 6.5, 30% PEG400 and 0.2M LiCl

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Ambient temp details: Oxford Cryosystem series 700 / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月10日
放射モノクロメーター: Si(111) channel cut monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 38830 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 75.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 3.3→3.45 Å / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.594 / Mean I/σ(I) obs: 5.42 / Num. unique obs: 4683 / Χ2: 1.04 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18rc2_3794精密化
pointlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BYG

5byg


解像度: 3.3→40.86 Å / SU ML: 0.3044 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.9213
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2176 1937 4.99 %
Rwork0.201 36893 -
obs0.2019 38830 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 72.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→40.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6493 192 4 0 6689
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00546875
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.829396
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04881035
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051181
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0791959
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.380.3613940.31072651X-RAY DIFFRACTION99.96
3.38-3.470.28761270.26042628X-RAY DIFFRACTION100
3.47-3.580.28131540.25542554X-RAY DIFFRACTION100
3.58-3.690.23261280.2412618X-RAY DIFFRACTION100
3.69-3.820.25581640.22132620X-RAY DIFFRACTION99.93
3.82-3.980.24881480.21442570X-RAY DIFFRACTION100
3.98-4.160.21921660.20282609X-RAY DIFFRACTION99.93
4.16-4.380.21861590.17612582X-RAY DIFFRACTION100
4.38-4.650.18191530.16112623X-RAY DIFFRACTION100
4.65-5.010.17541070.15532648X-RAY DIFFRACTION100
5.01-5.510.1721270.17262676X-RAY DIFFRACTION100
5.51-6.310.19821170.20352650X-RAY DIFFRACTION100
6.31-7.930.21891370.20712697X-RAY DIFFRACTION100
7.94-40.860.19671560.18922767X-RAY DIFFRACTION99.49
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.188786106711.243987785261.221329262894.055169479020.4895566351041.749788479620.0555824726538-0.247287820279-0.1331775859290.0916258405367-0.133714558899-0.1383987809940.094617466747-0.05142075635790.06851447536810.320357119413-0.05856523552360.06604219334260.4340517928190.08543472533380.29381684341758.7013568754-21.482675899845.4320485581
23.841347729370.4203553842141.113915391874.022654219070.00419445678166.727821820490.208100955678-0.121642406919-0.5982038308780.159880623213-0.212280144390.07213051525810.513599823751-0.8953429780560.01331132035050.519042218314-0.130990292677-0.004017319002010.521371766554-0.00310430944410.45345379251334.2448866476-20.650682222511.8283350249
32.1756910388-0.2057942477410.7890199850894.048560042230.8245064873483.84227576785-0.0225385522863-0.1191639257420.20971455347-0.162191834267-0.1400959078020.0944328479484-0.128358644599-0.2163675684030.1066660381450.2451224652320.0558346068050.05110792991070.460017744456-0.1240019303090.43004870819638.016044712621.27745622129.7566566163
44.71873072083-0.3570788277440.8659323355493.18268928153-0.3962899260352.95176184076-0.0467296506494-0.6718722984380.6812007007770.228212434777-0.0937904252060.181916502624-0.481876886246-0.07720028949430.09645640787110.4642582258560.0227103049750.01295073321040.585399952175-0.2076954929130.54351284796471.104881360120.170560099452.7540247222
51.26783733856-0.415008186537-1.190706924973.00280926585-0.09335960707831.594100623230.210979416157-1.205600543590.6311201627442.208167353370.326818726765-1.924321616680.2067766227290.492855072993-0.5965234668550.7740337258140.0304944369619-0.22855816810.820421038339-0.1465058338041.162928513666.0961338445-0.43781676967454.1517738605
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain A and resseq 1:205)AA1 - 2051 - 205
22(chain B and resseq 1:200)BB1 - 2001 - 200
33(chain C and resseq 1:206)CC1 - 2061 - 206
44(chain D and resseq 1:196)DD1 - 1961 - 196
55(chain E and resseq 5:10)EE5 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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