+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5w3v | ||||||
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Title | Crystal Structure of macaque APOBEC3H in complex with RNA | ||||||
Components |
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Keywords | ANTIVIRAL PROTEIN/RNA / cytidine deaminase / protein-RNA complex / ANTIVIRAL PROTEIN / ANTIVIRAL PROTEIN-RNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Macaca nemestrina (pig-tailed macaque) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.243 Å | ||||||
Authors | Bohn, J.A. / Thummar, K. / York, A. / Raymond, A. / Brown, W.C. / Bieniasz, P.D. / Hatziioannou, T. / Smith, J.L. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2017 Title: APOBEC3H structure reveals an unusual mechanism of interaction with duplex RNA. Authors: Bohn, J.A. / Thummar, K. / York, A. / Raymond, A. / Brown, W.C. / Bieniasz, P.D. / Hatziioannou, T. / Smith, J.L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5w3v.cif.gz | 368.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5w3v.ent.gz | 313.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5w3v.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/5w3v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/5w3v | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 24742.287 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Macaca nemestrina (pig-tailed macaque) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): pGro7 / References: UniProt: A0A1B2AH37*PLUS |
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#2: Protein | Mass: 24774.287 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Macaca nemestrina (pig-tailed macaque) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): pGro7 / References: UniProt: A0A1B2AH37*PLUS |
-RNA chain , 2 types, 4 molecules EHFG
#3: RNA chain | Mass: 3239.029 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #4: RNA chain | Mass: 3174.981 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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-Non-polymers , 2 types, 254 molecules
#5: Chemical | ChemComp-ZN / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.36 Å3/Da / Density % sol: 47.89 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 / Details: 0.1M Tris:HCl pH 8.5 0.1M MgCl2 28% PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Entry-ID: 5W3V / CC1/2: 1 / % possible obs: 100 %
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Reflection shell | Rmerge(I) obs: 1.08 / CC1/2: 0.64 |
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.243→44.655 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.33 / Phase error: 26.66 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.243→44.655 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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