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- PDB-1qg3: CRYSTAL STRUCTURE OF A TANDEM PAIR OF FIBRONECTIN TYPE III DOMAIN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qg3
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A TANDEM PAIR OF FIBRONECTIN TYPE III DOMAINS FROM THE CYTOPLASMIC TAIL OF INTEGRIN ALPHA6 BETA4
要素PROTEIN (INTEGRIN BETA-4 SUBUNIT)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / INTEGRIN / HEMIDESMOSOME / FIBRONECTIN / CARCINOMA
機能・相同性
機能・相同性情報


Type I hemidesmosome assembly / hemidesmosome assembly / nail development / hemidesmosome / peripheral nervous system myelin formation / trophoblast cell migration / skin morphogenesis / Laminin interactions / filopodium assembly / mesodermal cell differentiation ...Type I hemidesmosome assembly / hemidesmosome assembly / nail development / hemidesmosome / peripheral nervous system myelin formation / trophoblast cell migration / skin morphogenesis / Laminin interactions / filopodium assembly / mesodermal cell differentiation / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / integrin complex / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / cell adhesion mediated by integrin / Syndecan interactions / cell leading edge / basement membrane / basal plasma membrane / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / cell motility / G protein-coupled receptor binding / cell-cell adhesion / autophagy / response to wounding / integrin binding / cell junction / cell migration / nuclear membrane / receptor complex / cell adhesion / focal adhesion / nucleolus / cell surface / extracellular exosome / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Integrin beta-4 subunit / Na-Ca exchanger/integrin-beta4 / Calx-beta domain / Domains in Na-Ca exchangers and integrin-beta4 / CalX-like domain superfamily / Teneurin-like EGF domain / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, tail ...Integrin beta-4 subunit / Na-Ca exchanger/integrin-beta4 / Calx-beta domain / Domains in Na-Ca exchangers and integrin-beta4 / CalX-like domain superfamily / Teneurin-like EGF domain / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Fibronectin type III domain / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / Integrin beta-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者de Pereda, J.M. / Wiche, G. / Liddington, R.C.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of a tandem pair of fibronectin type III domains from the cytoplasmic tail of integrin alpha6beta4.
著者: de Pereda, J.M. / Wiche, G. / Liddington, R.C.
履歴
登録1999年4月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32019年12月25日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (INTEGRIN BETA-4 SUBUNIT)
B: PROTEIN (INTEGRIN BETA-4 SUBUNIT)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8997
ポリマ－43,3372
非ポリマー5625
水6,864381
1
A: PROTEIN (INTEGRIN BETA-4 SUBUNIT)
ヘテロ分子

B: PROTEIN (INTEGRIN BETA-4 SUBUNIT)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8997
ポリマ－43,3372
非ポリマー5625
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_455x-1/2,-y+1/2,-z+1/41
Buried area3670 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area18650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.040, 59.040, 246.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-383-

CAC

21B-382-

CAC

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN (INTEGRIN BETA-4 SUBUNIT)


分子量: 21668.338 Da / 分子数: 2 / 断片: FIRST TANDEM PAIR OF FIBRONECTIN TYPE III DOMAINS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGB4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P16144
#2: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 381 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 %
結晶化pH: 6.2
詳細: 100 MM CACODYLIC ACID/NAOH PH 6.2 200 MM LI2SO4 30% 400 MM POLYETHYLENE GLYCOL
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: used to seeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
1100 mMcacodylic acid/NaOH1
2200 mM1reservoirLi2SO4
330 %(v/v)PEG4001reservoir
420 mg/mlprotein1drop
510 mMTris-HCl1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1.037
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.037 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→20 Å / Num. obs: 22644 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 14.8 Å2 / Rsym value: 0.035 / Net I/σ(I): 34
反射 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / Mean I/σ(I) obs: 20 / Rsym value: 0.068 / % possible all: 98.9
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.035
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.068

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
CCP4モデル構築
CNS0.5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.15→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high rms absF: 2163566.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 1100 5 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs-22644 91.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.49 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.28 Å20 Å20 Å2
2--1.28 Å20 Å2
3----2.56 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.26 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3027 0 25 381 3433
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.471.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.32
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.352
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.382.5
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 169 4.7 %
Rwork0.219 3451 -
obs--90.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CAC.PARAMCAC.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.201
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 26.7 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.87
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.283 / % reflection Rfree: 4.7 % / Rfactor Rwork: 0.219

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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