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- PDB-1qfw: TERNARY COMPLEX OF HUMAN CHORIONIC GONADOTROPIN WITH FV ANTI ALPH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qfw
タイトルTERNARY COMPLEX OF HUMAN CHORIONIC GONADOTROPIN WITH FV ANTI ALPHA SUBUNIT AND FV ANTI BETA SUBUNIT
要素
  • (ANTIBODY (ANTI ALPHA SUBUNIT) ...) x 2
  • (ANTIBODY (ANTI BETA SUBUNIT) ...) x 2
  • GONADOTROPHIN BETA SUBUNIT
  • GONADOTROPIN ALPHA SUBUNIT
キーワードIMMUNE SYSTEM / GLYCOPROTEIN HORMONE / STIMULATION OF PRODUCTION OF PROGESTERONE / FVS SPECIFICALLY DIRECTED AGAINST ALPHA AND BETA SUBUNIT
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of steroid biosynthetic process / follicle-stimulating hormone activity / follicle-stimulating hormone complex / pituitary gonadotropin complex / luteinizing hormone secretion / follicle-stimulating hormone secretion / Thyroxine biosynthesis / Mineralocorticoid biosynthesis / Glycoprotein hormones / Reactions specific to the complex N-glycan synthesis pathway ...positive regulation of steroid biosynthetic process / follicle-stimulating hormone activity / follicle-stimulating hormone complex / pituitary gonadotropin complex / luteinizing hormone secretion / follicle-stimulating hormone secretion / Thyroxine biosynthesis / Mineralocorticoid biosynthesis / Glycoprotein hormones / Reactions specific to the complex N-glycan synthesis pathway / Hormone ligand-binding receptors / Androgen biosynthesis / follicle-stimulating hormone signaling pathway / female gamete generation / negative regulation of organ growth / regulation of signaling receptor activity / thyroid hormone generation / organ growth / immunoglobulin complex / thyroid gland development / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / hormone-mediated signaling pathway / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / hormone activity / Golgi lumen / cell-cell signaling / G alpha (s) signalling events / adaptive immune response / immune response / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Gonadotropin, beta subunit, conserved site / Glycoprotein hormones beta chain signature 1. / Glycoprotein hormones beta chain signature 2. / Glycoprotein hormone beta chain homologues. / Glycoprotein hormone alpha chain / Glycoprotein hormone / Glycoprotein hormones alpha chain signature 1. / Glycoprotein hormones alpha chain signature 2. / Glycoprotein hormones alpha chain family profile. / Glycoprotein hormone alpha chain homologues. ...Gonadotropin, beta subunit, conserved site / Glycoprotein hormones beta chain signature 1. / Glycoprotein hormones beta chain signature 2. / Glycoprotein hormone beta chain homologues. / Glycoprotein hormone alpha chain / Glycoprotein hormone / Glycoprotein hormones alpha chain signature 1. / Glycoprotein hormones alpha chain signature 2. / Glycoprotein hormones alpha chain family profile. / Glycoprotein hormone alpha chain homologues. / Gonadotropin, beta subunit / Glycoprotein hormone subunit beta / Cystine-knot domain / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / : / Cystine-knot cytokine / : / Immunoglobulin V-Type / Ribbon / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycoprotein hormones alpha chain / Choriogonadotropin subunit beta 7 / Ig kappa chain V-III region PC 3741/TEPC 111 / Ig heavy chain V region 102 / Choriogonadotropin subunit beta 3 / Ig heavy chain V region 345
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Tegoni, M. / Spinelli, S. / Cambillau, C.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of a ternary complex between human chorionic gonadotropin (hCG) and two Fv fragments specific for the alpha and beta-subunits.
著者: Tegoni, M. / Spinelli, S. / Verhoeyen, M. / Davis, P. / Cambillau, C.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1998
タイトル: Partially deglycosylated human choriogonadotropin, stabilized by intersubunit disulfide bonds, shows full bioactivity.
著者: Heikoop, J.C. / van den Boogaart, P. / de Leeuw, R. / Rose, U.M. / Mulders, J.W. / Grootenhuis, P.D.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Crystal structure of human chorionic gonadotropin.
著者: Lapthorn, A.J. / Harris, D.C. / Littlejohn, A. / Lustbader, J.W. / Canfield, R.E. / Machin, K.J. / Morgan, F.J. / Isaacs, N.W.
#3: ジャーナル: Structure / 年: 1994
タイトル: Structure of human chorionic gonadotropin at 2.6 A resolution from MAD analysis of the selenomethionyl protein.
著者: Wu, H. / Lustbader, J.W. / Liu, Y. / Canfield, R.E. / Hendrickson, W.A.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1989
タイトル: Crystallization and characterization of human chorionic gonadotropin in chemically deglycosylated and enzymatically desialylated states.
著者: Lustbader, J.W. / Birken, S. / Pileggi, N.F. / Kolks, M.A. / Pollak, S. / Cuff, M.E. / Yang, W. / Hendrickson, W.A. / Canfield, R.E.
#5: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989
タイトル: Site specificity of the chorionic gonadotropin N-linked oligosaccharides in signal transduction.
著者: Matzuk, M.M. / Keene, J.L. / Boime, I.
#6: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1975
タイトル: Role of carbohydrate of human chorionic gonadotropin in the mechanism of hormone action.
著者: Moyle, W.R. / Bahl, O.P. / Marz, L.
履歴
登録1999年4月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32019年11月27日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年8月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GONADOTROPIN ALPHA SUBUNIT
B: GONADOTROPHIN BETA SUBUNIT
L: ANTIBODY (ANTI ALPHA SUBUNIT) (LIGHT CHAIN)
H: ANTIBODY (ANTI ALPHA SUBUNIT) (HEAVY CHAIN)
M: ANTIBODY (ANTI BETA SUBUNIT) (LIGHT CHAIN)
I: ANTIBODY (ANTI BETA SUBUNIT) (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,1538
ポリマ－76,7106
非ポリマー4422
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12050 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area30300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.900, 104.900, 150.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 GONADOTROPIN ALPHA SUBUNIT / HCG


分子量: 10219.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SUGAR RESIDUES LINKED TO ASN52 AND ASN78 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Secretion: HUMAN PREGNANCY URINE / 参照: UniProt: P01215
#2: タンパク質 GONADOTROPHIN BETA SUBUNIT / HCG


分子量: 15548.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Secretion: HUMAN PREGNANCY URINE / 参照: UniProt: P01233, UniProt: P0DN86*PLUS

-
抗体 , 4種, 4分子 LHMI

#3: 抗体 ANTIBODY (ANTI ALPHA SUBUNIT) (LIGHT CHAIN) / FV


分子量: 12687.999 Da / 分子数: 1 / Fragment: FV / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01660*PLUS
#4: 抗体 ANTIBODY (ANTI ALPHA SUBUNIT) (HEAVY CHAIN) / FV


分子量: 12896.261 Da / 分子数: 1 / Fragment: FV / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01750*PLUS
#5: 抗体 ANTIBODY (ANTI BETA SUBUNIT) (LIGHT CHAIN) / FV


分子量: 11896.147 Da / 分子数: 1 / Fragment: FV / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01660*PLUS
#6: 抗体 ANTIBODY (ANTI BETA SUBUNIT) (HEAVY CHAIN) / FV


分子量: 13460.987 Da / 分子数: 1 / Fragment: FV / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P18526*PLUS

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糖 , 1種, 2分子

#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化pH: 8
詳細: 1.8 M ammonium Sulfate, 100 mM tris/HCl pH 8.0, protein concentration 3 mg/ml
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
13 mg/mlprotein1drop
21.8 Mammonium sulfate1reservoir
3100 mMTris-HCl1reservoirpH8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 297 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→20 Å / Num. obs: 12096 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 30 Å2 / Rsym value: 0.166 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 3.5→3.6 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.46 / % possible all: 97
反射
*PLUS
最高解像度: 3.5 Å / 最低解像度: 22 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.166 / Biso Wilson estimate: 30 Å2
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 3.5 Å / 最低解像度: 3.56 Å / % possible obs: 97 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.476 / Mean I/σ(I) obs: 3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.843精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HRP, 1IGC, 2IMN

1hrp

1igc

2imn


解像度: 3.5→9 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 250 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31 890 6 %RANDOM
Rwork0.26 ---
obs0.26 9772 79 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4910 0 28 0 4938
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.62
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d29.14
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d2.29
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.65 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 116 10 %
Rwork0.36 1261 -
obs--80 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PROTOPH19X.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.5 Å / Num. reflection Rfree: 898 / Rfactor obs: 0.268 / Rfactor Rfree: 0.316 / Rfactor Rwork: 0.268
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg29.14
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg2.29
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 3.5 Å / Rfactor Rfree: 0.37 / Rfactor Rwork: 0.36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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