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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qfp | ||||||
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タイトル | N-TERMINAL DOMAIN OF SIALOADHESIN (MOUSE) | ||||||
要素 | PROTEIN (SIALOADHESIN) | ||||||
キーワード | IMMUNOGLOBULIN / IMMUNOGLOBULIN SUPERFAMILY / CARBOHYDRATE BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of T cell apoptotic process / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / virion binding / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / late endosome / carbohydrate binding / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / early endosome / cell adhesion / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | May, A.P. / Robinson, R.C. / Burtnick, L. / Crocker, P.R. / Jones, E.Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 1998 タイトル: Crystal structure of the N-terminal domain of sialoadhesin in complex with 3' sialyllactose at 1.85 A resolution. 著者: May, A.P. / Robinson, R.C. / Vinson, M. / Crocker, P.R. / Jones, E.Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qfp.cif.gz | 34 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qfp.ent.gz | 23 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qfp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1qfp_validation.pdf.gz | 426.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1qfp_full_validation.pdf.gz | 429 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1qfp_validation.xml.gz | 6.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1qfp_validation.cif.gz | 8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/1qfp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/1qfp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13319.107 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL SIALIC ACID-BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PEE14 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: Q62230 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 16 % (W/V) PEG 4000, 8% (V/V) PROPAN-2-OL, 10 MM DTT, 80MM SODIUM HEPES PH 7.5, 5MG/ML PROTEIN | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 5.6 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX7.2 / 波長: 0.97 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 3275 / Num. obs: 3275 / % possible obs: 89.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 60.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.97 Å / % possible all: 89.8 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 89.8 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Data cutoff high rms absF: 464034.24 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.68 Å2 / ksol: 0.278 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 55.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.048 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.198 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.276 |