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万見
- PDB-1qdo: MAN(APLHA1-3)MAN(ALPHA1-O)METHYL CONCANAVALIN A COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qdo
タイトルMAN(APLHA1-3)MAN(ALPHA1-O)METHYL CONCANAVALIN A COMPLEX
要素PROTEIN (CONCANAVALIN A)
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / PLANT LECTIN / CARBOHYDRATE BINDING / DIMANNOSE / CONCANAVALIN A
機能・相同性
機能・相同性情報


D-mannose binding / toxin activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls ...Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Concanavalin-Br / Concanavalin-Br
類似検索 - 構成要素
生物種Canavalia ensiformis (タチナタマメ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Bouckaert, J. / Loris, R. / Wyns, L.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999
タイトル: The crystal structures of Man(alpha1-3)Man(alpha1-O)Me and Man(alpha1-6)Man(alpha1-O)Me in complex with concanavalin A.
著者: Bouckaert, J. / Hamelryck, T.W. / Wyns, L. / Loris, R.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996
タイトル: Concanavalin a Crystallized in Complex with the Trisaccharide 3,6-Di-O-(Alpha-D-Mannopyranosyl)-Alpha-D-Mannopyranoside
著者: Loris, R. / Maes, D. / Poortmans, F. / Wyns, L. / Bouckaert, J.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996
タイトル: Structural Basis of Trimannoside Recognition by Concanavalin A
著者: Naismith, J.H. / Field, R.A.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Thermodynamics of Lectin-Carbohydrate Interactions. Titration Microcalorimetry Measurements of the Binding of N-Linked Carbohydrates and Ovalbumin to Concanavalin A
著者: Mandal, D.K. / Kishore, N. / Brewer, C.F.
履歴
登録1999年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (CONCANAVALIN A)
B: PROTEIN (CONCANAVALIN A)
C: PROTEIN (CONCANAVALIN A)
D: PROTEIN (CONCANAVALIN A)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,29516
ポリマ－102,4904
非ポリマー1,80512
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12180 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area33380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.410, 64.530, 126.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.21, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211
詳細THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS A TETRAMER, COMPOSED OF IDENTICAL MONOMERS OF 237 AMINO ACIDS. THE FOLLOWING RESIDUES ARE IN WEAK ELECTRON DENSITY: FROM 118 TO 121 AND 205.

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要素

#1: タンパク質
PROTEIN (CONCANAVALIN A) / CON A


分子量: 25622.385 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CANAVALIA ENSIFORMIS BEANS / 由来: (天然) Canavalia ensiformis (タチナタマメ) / 参照: UniProt: CONA_CANBR, UniProt: P55915*PLUS
#2: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-methyl alpha-D-mannopyranoside


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 356.323 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManp[1Me]a1-OMEGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a1122h-1a_1-5_1*OC][a1122h-1a_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][methyl]{[(1+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: DROP: 5 MICROLITER 5 MG/ML CON A, 5 MM SUGAR + 5 MICROLITER 14% PEG 8000, 35 MM POTASSIUM PHOSPHATE; 500 MICROLITER BOTTOM SOLUTION, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlConA1drop
25 mMM3M1drop
314 %PEG80001reservoir
435 mMpotassium phosphate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年2月10日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→25 Å / Num. obs: 24411 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 28.85 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.603 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 2420 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. measured all: 195361
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ENQ

1enq


解像度: 2.8→25 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber, 1991 / 詳細: NCS restraints grouped B-factor refinement
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 2169 10 %
Rwork0.164 --
obs-24262 99.9 %
原子変位パラメータBiso mean: 33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7236 0 104 33 7373
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.826
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.393
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.699
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS WEIGHT-NCS=602 SIGB=2.5 / Rms dev Biso : 2.5 Å2
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.93 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.416 -10 %
Rwork0.268 2701 -
obs--100 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 25 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.164
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 33 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.393
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.699
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.416 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.268 / Rfactor obs: 0.268

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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