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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qdc | |||||||||
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タイトル | MAN(APLHA1-6)MAN(ALPHA1-O)METHYL CONCANAVALIN A COMPLEX | |||||||||
要素 | PROTEIN (CONCANAVALIN A) | |||||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / PLANT LECTIN / CARBOHYDRATE BINDING / DIMANNOSE / CONCANAVALIN A | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Canavalia ensiformis (タチナタマメ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | |||||||||
データ登録者 | Bouckaert, J. / Loris, R. / Wyns, L. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999 タイトル: The crystal structures of Man(alpha1-3)Man(alpha1-O)Me and Man(alpha1-6)Man(alpha1-O)Me in complex with concanavalin A. 著者: Bouckaert, J. / Hamelryck, T.W. / Wyns, L. / Loris, R. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996 タイトル: Concanavalin a Crystallized in Complex with the Trisaccharide 3,6-Di-O-(Alpha- D-Mannopyranosyl)-Alpha-D-Mannopyranoside 著者: Loris, R. / Maes, D. / Poortmans, F. / Wyns, L. / Bouckaert, J. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996 タイトル: Structural Basis of Trimannoside Recognition by Concanavalin A 著者: Naismith, J.H. / Field, R.A. #3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994 タイトル: Thermodynamics of Lectin-Carbohydrate Interactions. Titration Microcalorimetry Measurements of the Binding of N-Linked Carbohydrates and Ovalbumin to concanavalin A 著者: Mandal, D.K. / Kishore, N. / Brewer, C.F. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qdc.cif.gz | 201.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qdc.ent.gz | 159.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qdc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1qdc_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1qdc_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1qdc_validation.xml.gz | 39.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1qdc_validation.cif.gz | 55.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/1qdc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/1qdc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS A TETRAMER, COMPOSED OF IDENTICAL MONOMERS OF 237 AMINO ACIDS. THE FOLLOWING RESIDUES ARE IN WEAK ELECTRON DENSITY: 118 AND 119, 150 AND 151, 161 AND 162. |
-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 25622.385 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 詳細: CO-CRYSTALS OF CONCANAVALIN A WITH METHYL-6--O-(ALPHA-D-MANNOPYRANOSYL)-ALPHA- D-MANNOPYRANOSIDE 由来: (天然) Canavalia ensiformis (タチナタマメ) / 参照: UniProt: P55915 #2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-methyl alpha-D-mannopyranoside |
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-非ポリマー , 4種, 395分子
#3: 化合物 | ChemComp-MN / #4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 化合物 | ChemComp-CL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.8 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: DROP: 5 MICROLITER 7 MG/ML CON A + 5 MICROLITER 7% JEFFAMINE M-600, 10 % PEG 8000, 50 MM NH4COOH, 5MM MGCL2, 25 MM PHOSPHATE, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 291 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年1月30日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→15 Å / Num. obs: 71100 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 22.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 17 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / % possible all: 99.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 498686 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.8 % / Rmerge(I) obs: 0.32 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1ENQ 解像度: 2→15 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: X-PLOR / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER, 1991
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.09 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 15 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.175 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 25 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2 Å / Rfactor Rfree: 0.276 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.234 |