+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1q3g | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | MurA (Asp305Ala) liganded with tetrahedral reaction intermediate | ||||||
![]() | UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / inside-out alpha-beta barrel | ||||||
機能・相同性 | ![]() UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase activity / UDP-N-acetylgalactosamine biosynthetic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Eschenburg, S. / Kabsch, W. / Healy, M.L. / Schonbrunn, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A New View of the Mechanisms of UDP-N-Acetylglucosamine Enolpyruvyl Transferase (MurA) and 5-Enolpyruvylshikimate-3-phosphate Synthase (AroA) Derived from X-ray Structures of Their ...タイトル: A New View of the Mechanisms of UDP-N-Acetylglucosamine Enolpyruvyl Transferase (MurA) and 5-Enolpyruvylshikimate-3-phosphate Synthase (AroA) Derived from X-ray Structures of Their Tetrahedral Reaction Intermediate States. 著者: Eschenburg, S. / Kabsch, W. / Healy, M.L. / Schonbrunn, E. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
4 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44785.398 Da / 分子数: 16 / 変異: N67D,D305A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: MURA / プラスミド: pET9d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P33038, UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-UDA / #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.74 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: PEG 20,000, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 19 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→20 Å / Num. all: 185835 / Num. obs: 185835 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 9.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.335 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 9008 / % possible all: 95.9 |
反射 | *PLUS Num. obs: 809759 / % possible obs: 98.9 % |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.7 Å / % possible obs: 0.335 % / Num. unique obs: 26280 / Num. measured obs: 95.9 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1A2N 解像度: 2.65→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
| ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.65→2.67 Å /
| ||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 2 % / Rfactor Rwork: 0.216 | ||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.7 Å |