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- PDB-1q3g: MurA (Asp305Ala) liganded with tetrahedral reaction intermediate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q3g
タイトルMurA (Asp305Ala) liganded with tetrahedral reaction intermediate
要素UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
キーワードTRANSFERASE / inside-out alpha-beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase activity / UDP-N-acetylgalactosamine biosynthetic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / Enolpyruvate transferase domain / Alpha-beta prism / UDP-n-acetylglucosamine1-carboxyvinyl-transferase; Chain / Enolpyruvate transferase domain / Enolpyruvate transferase domain superfamily / EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase) / RNA 3'-terminal phosphate cyclase/enolpyruvate transferase, alpha/beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-UDA / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacter cloacae (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Eschenburg, S. / Kabsch, W. / Healy, M.L. / Schonbrunn, E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: A New View of the Mechanisms of UDP-N-Acetylglucosamine Enolpyruvyl Transferase (MurA) and 5-Enolpyruvylshikimate-3-phosphate Synthase (AroA) Derived from X-ray Structures of Their ...タイトル: A New View of the Mechanisms of UDP-N-Acetylglucosamine Enolpyruvyl Transferase (MurA) and 5-Enolpyruvylshikimate-3-phosphate Synthase (AroA) Derived from X-ray Structures of Their Tetrahedral Reaction Intermediate States.
著者: Eschenburg, S. / Kabsch, W. / Healy, M.L. / Schonbrunn, E.
履歴
登録2003年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Database references / Derived calculations / Non-polymer description
改定 1.42017年10月11日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_validate_polymer_linkage / software
改定 1.52021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
B: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
C: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
D: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
E: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
F: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
G: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
H: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
I: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
J: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
K: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
L: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
W: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
X: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
Y: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
Z: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)729,96648
ポリマ－716,56616
非ポリマー13,39932
水25,7791431
1
A: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
B: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
C: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
D: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,49112
ポリマ－179,1424
非ポリマー3,3508
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
F: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
G: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
H: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,49112
ポリマ－179,1424
非ポリマー3,3508
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
I: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
J: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
K: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
L: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,49112
ポリマ－179,1424
非ポリマー3,3508
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
W: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
X: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
Y: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
Z: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,49112
ポリマ－179,1424
非ポリマー3,3508
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)139.459, 153.934, 167.481
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.95, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / Enoylpyruvate transferase / UDP-N-acetylglucosamine enolpyruvyl transferase / EPT


分子量: 44785.398 Da / 分子数: 16 / 変異: N67D,D305A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア)
遺伝子: MURA / プラスミド: pET9d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3
参照: UniProt: P33038, UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-UDA / 3'-1-CARBOXY-1-PHOSPHONOOXY-ETHOXY-URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE


分子量: 775.396 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H32N3O23P3
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1431 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.74 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: PEG 20,000, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
結晶化
*PLUS
温度: 19 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
1100 mg/mlprotein1drop
210 mMMES1reservoirpH6.4
310 %(w/v)PEG200001reservoir
45 mMUNAG1reservoir
55 mMPEP1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→20 Å / Num. all: 185835 / Num. obs: 185835 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.335 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 9008 / % possible all: 95.9
反射
*PLUS
Num. obs: 809759 / % possible obs: 98.9 %
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.7 Å / % possible obs: 0.335 % / Num. unique obs: 26280 / Num. measured obs: 95.9

-
解析

ソフトウェア
名称分類
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1A2N

1a2n


解像度: 2.65→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.253 3716 random
Rwork0.217 --
obs0.217 185835 -
all-185835 -
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.115 Å20 Å2-5.37 Å2
2---0.264 Å20 Å2
3----7.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数50240 0 848 1431 52519
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0069
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.24747
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.0571.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.1472
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.5272
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.0572.5
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.67 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.428 62
Rwork0.353 -
obs-3050
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3unt_etg.par
X-RAY DIFFRACTION4ion.param
X-RAY DIFFRACTION5cis_peptide.param
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 2 % / Rfactor Rwork: 0.216
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.25
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.7 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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