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万見
- PDB-1q33: Crystal structure of human ADP-ribose pyrophosphatase NUDT9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q33
タイトルCrystal structure of human ADP-ribose pyrophosphatase NUDT9
要素ADP-ribose pyrophosphatase
キーワードHYDROLASE / NUDIX fold
機能・相同性
機能・相同性情報


ADP catabolic process / ADP-ribose diphosphatase / nucleobase-containing small molecule metabolic process / ADP-ribose diphosphatase activity / ADP-sugar diphosphatase activity / Phosphate bond hydrolysis by NUDT proteins / cell junction / nuclear membrane / nuclear body / mitochondrial matrix ...ADP catabolic process / ADP-ribose diphosphatase / nucleobase-containing small molecule metabolic process / ADP-ribose diphosphatase activity / ADP-sugar diphosphatase activity / Phosphate bond hydrolysis by NUDT proteins / cell junction / nuclear membrane / nuclear body / mitochondrial matrix / mitochondrion / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
ADP-ribose pyrophosphatase, mitochondrial / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / ADP-ribose pyrophosphatase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Shen, B.W. / Perraud, A.L. / Scharenberg, A. / Stoddard, B.L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: The Crystal Structure and Mutational Analysis of Human NUDT9
著者: Shen, B.W. / Perraud, A.L. / Scharenberg, A. / Stoddard, B.L.
履歴
登録2003年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribose pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0718
ポリマ－33,3141
非ポリマー7577
水4,234235
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.837, 87.497, 119.814
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 ADP-ribose pyrophosphatase / pyrophosphatase


分子量: 33314.457 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 59-350 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Spleen / 遺伝子: NUDT9 / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): IRL+ / 参照: UniProt: Q9BW91, ADP-ribose diphosphatase
#2: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Ammonium sulfate, TrisHCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 170 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.997 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月21日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.997 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→36.76 Å / Num. obs: 36910 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 23.1 Å2 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 45.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 2.98 % / Mean I/σ(I) obs: 5.54 / Num. unique all: 1295 / Rsym value: 0.358 / % possible all: 66.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.81→36.54 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2313 3690 -random
Rwork0.2013 ---
obs0.2037 36910 94 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.593 Å20 Å20 Å2
2---3.172 Å2-0.421 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.15 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→36.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2362 0 42 235 2639
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.45
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.9
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRfactor Rfree errorNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.81-1.870.26595180.25060.0156454868
1.87-1.950.28266400.22460.058607891

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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