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- PDB-1q2b: CELLOBIOHYDROLASE CEL7A WITH DISULPHIDE BRIDGE ADDED ACROSS EXO-L... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q2b
タイトルCELLOBIOHYDROLASE CEL7A WITH DISULPHIDE BRIDGE ADDED ACROSS EXO-LOOP BY MUTATIONS D241C AND D249C
要素EXOCELLOBIOHYDROLASE I
キーワードHYDROLASE / CELLULASE / CELLULOSE DEGRADATION / GLYCOSIDASE / GLYCOPROTEIN / GLYCOSYLATED PROTEIN / DISULPHIDE MUTANT
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end) / cellulose 1,4-beta-cellobiosidase activity / cellulose binding / cellulose catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
1,4-Beta-D-Glucan Cellobiohydrolase I; Chain A / Glycoside hydrolase, family 7, domain / Glycoside hydrolase, family 7 / Glycoside hydrolase family 7, catalytic domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 7 / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. ...1,4-Beta-D-Glucan Cellobiohydrolase I; Chain A / Glycoside hydrolase, family 7, domain / Glycoside hydrolase, family 7 / Glycoside hydrolase family 7, catalytic domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 7 / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain / Distorted Sandwich / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Exoglucanase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Hypocrea jecorina (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Stahlberg, J. / Harris, M. / Jones, T.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Engineering the exo-loop of Trichoderma reesei cellobiohydrolase, Cel7A. A comparison with Phanerochaete chrysosporium Cel7D.
著者: von Ossowski, I. / Stahlberg, J. / Koivula, A. / Piens, K. / Becker, D. / Boer, H. / Harle, R. / Harris, M. / Divne, C. / Mahdi, S. / Zhao, Y. / Driguez, H. / Claeyssens, M. / Sinnott, M.L. / Teeri, T.T.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Activity Studies and Crystal Structures of Catalytically Deficient Mutants of Cellobiohydrolase I from Trichoderma Reesei
著者: Stahlberg, J. / Divne, C. / Koivula, A. / Piens, K. / Claeyssens, M. / Teeri, T.T. / Jones, T.A.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: High-Resolution Crystal Structures Reveal How a Cellulose Chain is Bound in the 50A Long Tunnel of Cellobiohydrolase-I from Trichoderma Reesei
著者: Divne, C. / Stahlberg, J. / Teeri, T.T. / Jones, T.A.
履歴
登録2003年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.02019年12月25日Group: Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue ...entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.22021年10月27日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.32024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EXOCELLOBIOHYDROLASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3844
ポリマ－46,0451
非ポリマー3393
水6,431357
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.170, 83.140, 110.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1307-

HOH

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要素

#1: タンパク質 EXOCELLOBIOHYDROLASE I / E.C.3.2.1.91 / EXOGLUCANASE I / CBHI / 1 / 4-beta-cellobiohydrolase / cellulose 1 / 4-beta-cellobiosidase


分子量: 46044.848 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN 1-434 / 変異: D241C, D249C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hypocrea jecorina (菌類) / 株: QM9414 / 遺伝子: cbh1 / Variant: VTT-D-93201 / プラスミド: PEM-F5 / 発現宿主: Hypocrea jecorina (菌類) / 株 (発現宿主): VTT-D-93201
参照: UniProt: P62694, cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end)
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 5000 monomethyl ether, sodium morpholine-ethane-sulphonic acid, glycerol, cobalt chloride, sodium acetate, pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
11-5 mg/mlprotein1drop
210 mMsodium acetate1droppH5.0
318-22 %(w/v)mPEG50001reservoir
40.1 Msodium morpholine ethane sulphonic acid1reservoirpH6.0
510 mM1reservoirCoCl2
612.5 %(v/v)glycerol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.986 / 波長: 0.986 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年10月23日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Single asymmetrically cut Si(111) crystal with horizontal diffraction plane
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.986 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→40 Å / Num. all: 46521 / Num. obs: 46521 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.11 % / Biso Wilson estimate: 12.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 0.38 % / Rmerge(I) obs: 0.147 / % possible all: 95.8
反射
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 40 Å / 冗長度: 4 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.8 % / 冗長度: 3.8 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→40 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 893 1.9 %RANDOM
Rwork0.207 ---
all-46518 --
obs-46518 92 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3220 0 16 357 3593
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.77
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
精密化
*PLUS
最低解像度: 40 Å / Num. reflection obs: 45625 / % reflection Rfree: 2 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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