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- PDB-5oa5: CELLOBIOHYDROLASE I (CEL7A) FROM HYPOCREA JECORINA WITH IMPROVED ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oa5
タイトルCELLOBIOHYDROLASE I (CEL7A) FROM HYPOCREA JECORINA WITH IMPROVED THERMAL STABILITY
要素Exoglucanase 1
キーワードHYDROLASE / CELLULASE / PROTEIN ENGINEERING
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end) / cellulose 1,4-beta-cellobiosidase activity / cellulose binding / cellulose catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
1,4-Beta-D-Glucan Cellobiohydrolase I; Chain A / Glycoside hydrolase, family 7, domain / Glycoside hydrolase, family 7 / Glycoside hydrolase family 7, catalytic domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 7 / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. ...1,4-Beta-D-Glucan Cellobiohydrolase I; Chain A / Glycoside hydrolase, family 7, domain / Glycoside hydrolase, family 7 / Glycoside hydrolase family 7, catalytic domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 7 / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain / Distorted Sandwich / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Hypocrea jecorina (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Goedegebuur, F. / Hansson, H. / Karkehabadi, S. / Mikkelsen, N. / Stahlberg, J. / Sandgren, M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation1552355 米国
National Science Foundation (NSF, United States)ACI-1053575 (under allocation MCB090159) 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Improving the thermal stability of cellobiohydrolase Cel7A from Hypocrea jecorina by directed evolution.
著者: Goedegebuur, F. / Dankmeyer, L. / Gualfetti, P. / Karkehabadi, S. / Hansson, H. / Jana, S. / Huynh, V. / Kelemen, B.R. / Kruithof, P. / Larenas, E.A. / Teunissen, P.J.M. / Stahlberg, J. / ...著者: Goedegebuur, F. / Dankmeyer, L. / Gualfetti, P. / Karkehabadi, S. / Hansson, H. / Jana, S. / Huynh, V. / Kelemen, B.R. / Kruithof, P. / Larenas, E.A. / Teunissen, P.J.M. / Stahlberg, J. / Payne, C.M. / Mitchinson, C. / Sandgren, M.
履歴
登録2017年6月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年3月11日Group: Data collection / Polymer sequence
カテゴリ: chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity_poly
Item: _chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 2.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.22022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.32023年3月8日Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_database_PDB_obs_spr
改定 2.42024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exoglucanase 1
B: Exoglucanase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,9449
ポリマ－92,5242
非ポリマー1,4197
水9,836546
1
A: Exoglucanase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9264
ポリマ－46,2621
非ポリマー6643
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Exoglucanase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0185
ポリマ－46,2621
非ポリマー7564
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.940, 92.100, 102.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Exoglucanase 1 / 1 / 4-beta-cellobiohydrolase / Exocellobiohydrolase I / CBHI / Exoglucanase I


分子量: 46262.238 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 18-451
変異: S8P, T41I, N49S, A68T, N89D, S92T, S113N, S196T, P227L, D249K, T255P, S278P, E295K, T296P, T332Y, V304D, S411F
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hypocrea jecorina (菌類) / 遺伝子: cbh1 / プラスミド: pRAXDES / 発現宿主: Aspergillus awamori (カビ) / Variant (発現宿主): AP4
参照: UniProt: P62694, cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end)
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 546 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細ENGINEERED ENZYME WITH 17 INTRODUCED MUTATIONS. NATURALLY OCCURRING PYROGLUTAMATE AT THE N-TERMINUS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 25.5% POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 4000, 0.17 M AMSO4 AND 15% GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月5日 / 詳細: PT COATED MIRRORS
放射モノクロメーター: HORIZONTALLY DIFFRACTING SI (111) MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→41.16 Å / Num. obs: 56990 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.71 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.73 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 1.86 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2V3I

2v3i


解像度: 2.1→41.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 4.952 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.226 / ESU R Free: 0.19 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24381 2882 5.1 %RANDOM
Rwork0.19929 ---
obs0.20154 53986 99.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 17.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.96 Å20 Å20 Å2
2--2.48 Å20 Å2
3----1.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→41.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6480 0 90 546 7116
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.026777
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3091.9529261
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4245872
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.11525.676296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.23515958
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9731514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2996
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215318
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9491.6733479
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6662.5044348
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0981.7643298
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.35314.5710782
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 183 -
Rwork0.257 3978 -
obs--99.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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