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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5oa5 | |||||||||
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タイトル | CELLOBIOHYDROLASE I (CEL7A) FROM HYPOCREA JECORINA WITH IMPROVED THERMAL STABILITY | |||||||||
要素 | Exoglucanase 1Cellulose 1,4-beta-cellobiosidase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / CELLULASE (セルラーゼ) / PROTEIN ENGINEERING (タンパク質工学) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end) / cellulose 1,4-beta-cellobiosidase activity / cellulose binding / cellulose catabolic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Hypocrea jecorina (菌類) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Goedegebuur, F. / Hansson, H. / Karkehabadi, S. / Mikkelsen, N. / Stahlberg, J. / Sandgren, M. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017 タイトル: Improving the thermal stability of cellobiohydrolase Cel7A from Hypocrea jecorina by directed evolution. 著者: Goedegebuur, F. / Dankmeyer, L. / Gualfetti, P. / Karkehabadi, S. / Hansson, H. / Jana, S. / Huynh, V. / Kelemen, B.R. / Kruithof, P. / Larenas, E.A. / Teunissen, P.J.M. / Stahlberg, J. / ...著者: Goedegebuur, F. / Dankmeyer, L. / Gualfetti, P. / Karkehabadi, S. / Hansson, H. / Jana, S. / Huynh, V. / Kelemen, B.R. / Kruithof, P. / Larenas, E.A. / Teunissen, P.J.M. / Stahlberg, J. / Payne, C.M. / Mitchinson, C. / Sandgren, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5oa5.cif.gz | 186.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5oa5.ent.gz | 146.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5oa5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/5oa5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/5oa5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2v3iS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46262.238 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 18-451 変異: S8P, T41I, N49S, A68T, N89D, S92T, S113N, S196T, P227L, D249K, T255P, S278P, E295K, T296P, T332Y, V304D, S411F 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hypocrea jecorina (菌類) / 遺伝子: cbh1 / プラスミド: pRAXDES 発現宿主: Aspergillus awamori (アワモリコウジカビ) Variant (発現宿主): AP4 参照: UniProt: P62694, cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end) #2: 糖 | ChemComp-NAG / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | ENGINEERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.45 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 25.5% POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 4000, 0.17 M AMSO4 AND 15% GLYCEROL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月5日 / 詳細: PT COATED MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: HORIZONTALLY DIFFRACTING SI (111) MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8726 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→41.16 Å / Num. obs: 56990 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.71 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 4.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.73 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 1.86 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2V3I 解像度: 2.1→41.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 4.952 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.226 / ESU R Free: 0.19 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.9 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→41.16 Å
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拘束条件 |
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