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- PDB-1pzw: Crystal structure of the zinc finger associated domain of the Dro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pzw
タイトルCrystal structure of the zinc finger associated domain of the Drosophila transcription factor Grauzone
要素Transcription factor grauzone
キーワードTRANSCRIPTION / dimerization / transcription regulation / treble-clef zinc finger / ZAD
機能・相同性
機能・相同性情報


egg activation / cellularization / pole cell formation / homologous chromosome segregation / female meiotic nuclear division / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
His-Me finger endonuclease fold - #20 / Transcription factor Grauzone / ZAD domain profile. / Zinc-finger associated domain (zf-AD) / Zinc finger, AD-type / Zinc-finger associated domain (zf-AD) / His-Me finger endonuclease fold / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. ...His-Me finger endonuclease fold - #20 / Transcription factor Grauzone / ZAD domain profile. / Zinc-finger associated domain (zf-AD) / Zinc finger, AD-type / Zinc-finger associated domain (zf-AD) / His-Me finger endonuclease fold / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor grauzone
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Jauch, R. / Bourenkov, G.P. / Chung, H.-R. / Urlaub, H. / Reidt, U. / Jaeckle, H. / Wahl, M.C.
引用ジャーナル: STRUCTURE / 年: 2003
タイトル: The zinc finger-associated domain of the Drosophila transcription factor grauzone is a novel zinc-coordinating protein-protein interaction module
著者: Jauch, R. / Bourenkov, G.P. / Chung, H.-R. / Urlaub, H. / Reidt, U. / Wahl, M.C.
履歴
登録2003年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor grauzone
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2332
ポリマ－9,1671
非ポリマー651
水1,00956
1
A: Transcription factor grauzone
ヘテロ分子

A: Transcription factor grauzone
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4664
ポリマ－18,3352
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area2060 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area10200 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)48.660, 48.660, 82.123
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Cell settingtetragonal
Space group name H-MP41212
詳細The biological unit is a dimer, the dimer is generated by the twofold axis: y, x, -z

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要素

#1: タンパク質 Transcription factor grauzone / Zinc finger associated domain of Drosophila Grauzone / grauzone CG33133-PA


分子量: 9167.418 Da / 分子数: 1 / 断片: zinc finger associated domain (ZAD) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: grauzone / プラスミド: pGEX / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9U405
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.1 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG 4000, ammonium acetate, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
18 mg/mlprotein1drop
20.2 Mammonium acetate1reservoir
30.1 Msodium citrate1reservoirpH5.6
430 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.0500, 1.2828
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double Si(111) crystal monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.051
21.28281
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 7120 / Num. obs: 6907 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 52.6 Å2 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 36.7
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / Rsym value: 0.447 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1精密化
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 5.404 / SU ML: 0.147 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.179
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. for refinement used also CNS 1.0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26691 322 4.7 %RANDOM
Rwork0.24083 ---
obs0.24204 6590 97.27 %-
all-6775 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.879 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å20 Å20 Å2
2--0.19 Å20 Å2
3----0.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数642 0 1 56 699
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.021657
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02575
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2061.913891
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83431336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.175579
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2101
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02736
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02137
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.2183
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2340.2687
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.2374
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2190.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1970.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1960.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1350.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9793398
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5564647
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2596259
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2119244
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.337 24
Rwork0.296 475
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
112.3953-4.7373-1.17722.37740.15824.15390.66551.8736-0.2347-0.4912-0.58380.09810.1901-0.8568-0.08170.20130.021-0.09690.5604-0.02970.16353.24729.461823.9361
27.535-1.4051-2.0542.58692.42490.24710.33030.7420.9393-0.0521-0.0486-0.4699-0.7279-0.217-0.28170.3183-0.1259-0.06150.28220.27570.30757.48219.791628.8642
31.92470.23891.28872.87684.885911.8772-0.0731-0.08820.05150.24840.09040.39870.2513-0.524-0.01740.2352-0.0526-0.06040.17350.03240.27125.179713.850447.6017
40000000000000000.1853-0.0755-0.10390.2788-0.05680.2415.71316.848127.2863
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 191 - 18
2X-RAY DIFFRACTION1AA51 - 5450 - 53
3X-RAY DIFFRACTION2AA20 - 5019 - 49
4X-RAY DIFFRACTION3AA55 - 8154 - 80
5X-RAY DIFFRACTION4AB1001
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 5.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 15 Å / Rfactor Rfree: 0.267 / Rfactor Rwork: 0.241
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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