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- PDB-1eb0: Crystal structure of Bacillus pasteurii UreE at 1.85 A, phased by... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eb0
タイトルCrystal structure of Bacillus pasteurii UreE at 1.85 A, phased by SIRAS. Type I crystal form.
要素UREASE ACCESSORY PROTEIN UREE
キーワードCHAPERONE / UREASE ACCESSORY PROTEIN / PUTATIVE NI-CHAPERONE
機能・相同性
機能・相同性情報


urea metabolic process / nickel cation binding / unfolded protein binding / protein folding / protein-containing complex assembly / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UreE urease accessory, N-terminal / Urease accessory protein UreE, C-terminal domain / Urease accessory protein UreE / UreE urease accessory, N-terminal domain superfamily / UreE urease accessory protein, N-terminal domain / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / UreE urease accessory protein, N-terminal domain / UreE, C-terminal domain / Urease metallochaperone UreE, N-terminal domain / HSP40/DNAj peptide-binding domain ...UreE urease accessory, N-terminal / Urease accessory protein UreE, C-terminal domain / Urease accessory protein UreE / UreE urease accessory, N-terminal domain superfamily / UreE urease accessory protein, N-terminal domain / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / UreE urease accessory protein, N-terminal domain / UreE, C-terminal domain / Urease metallochaperone UreE, N-terminal domain / HSP40/DNAj peptide-binding domain / Alpha-Beta Plaits / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Urease accessory protein UreE
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS PASTEURII (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Remaut, H. / Safarov, N. / Ciurli, S. / Van Beeumen, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Structural Basis for Ni2+ Transport and Assembly of the Urease Active Site by the Metallochaperone Uree from Bacillus Pasteurii
著者: Reamut, H. / Safarov, N. / Ciurli, S. / Van Beeumen, J.
履歴
登録2001年7月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年6月27日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.62019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.72024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UREASE ACCESSORY PROTEIN UREE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4782
ポリマ－17,4131
非ポリマー651
水2,198122
1
A: UREASE ACCESSORY PROTEIN UREE
ヘテロ分子

A: UREASE ACCESSORY PROTEIN UREE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9574
ポリマ－34,8262
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
Buried area2530 Å2
ΔGint-16.1 kcal/mol
Surface area18090 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)50.500, 60.720, 130.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1144-

ZN

21A-2091-

HOH

31A-2122-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 UREASE ACCESSORY PROTEIN UREE


分子量: 17412.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PUTATIVE NI-CHAPERONE / 由来: (組換発現) BACILLUS PASTEURII (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P50049
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.21 % / 解説: SIRAS PHASES FROM HG DERIVATIVE (2.05 A DATA)
結晶化温度: 294 K / pH: 7 / 詳細: 92-96% NACITRATE, 100 MM TRIS PH 7 AT 294 K
結晶化
*PLUS
温度: 294 K / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1droppH7.5
3100 mM1dropNaCl
486-92 %citrate1reservoir
5100 mMTris-HCl1reservoirpH7.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8453
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8453 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→20 Å / Num. obs: 17790 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 18.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 43.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.337 / Mean I/σ(I) obs: 3.96 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 311356
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.85→14.85 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: B-FACTOR WAS FIXED AT 100 A**2 FOR DISORDERED SIDECHAINS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2563 884 5 %RANDOM
Rwork0.2203 ---
obs0.2203 17514 99.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.3028 Å2 / ksol: 0.360463 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2 Å20 Å20 Å2
2--1.48 Å20 Å2
3----3.47 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→14.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1187 0 1 122 1310
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.66
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.341.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.662
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.22
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.832.5
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 149 5.2 %
Rwork0.275 2736 -
obs--99.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.66
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.275

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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